تبنّت مؤسسة خالد بن سلطان للمحيطات الحية برنامج أبحاث علمي لعدة سنوات يهدف إلى دراسة ومسح الأنظمة البيئية للشعاب المرجانية في الشواطئ السعودية للبحر الأحمر. وشملت حملات الأبحاث الرئيسية التي تمت حتى الآن، منطقة جزر فرسان عام 2006م، منطقة رأس القصبة شمال البحر الأحمر عام 2007م ومنطقة الوجه وينبع عام 2008م وضفاف فرسان عام 2009م. ولقد تم عرض المعلومات العلمية الأولية والخرائط البيئية المفصلة التي يتم رسمها على الجهات المعنية والخبراء ذوي المعرفة والحصافة بما يكفي لتطوير خطط المؤسسة المستقبلية لتستجيب لاحتياجات المجتمع العلمي المحلي والدولي وتسهم بشكل فعال في تزويده بالمعلومات الأساسية اللازمة لدفع عجلة التقدم العلمي في مجال المحافظة على التنوع الأحيائي البحري في المنطقة خاصة وفي العالم أجمع. ولقد أثمرت الدراسات العلمية التي تم إجراؤها في إصدار أطلس الموائل البحرية للبحر الأحمر السعودي، ويمثل هذا الأطلس واحداً من المنتجات الرئيسية، وهو نتيجة جهد استغرق أربع سنوات من البحث على امتداد ساحل المملكة العربية السعودية المطل على البحر الأحمر من قبل مؤسسة خالد بن سلطان للمحيطات الحية جنباً إلى جنب مع شركاء حكوميين وأكاديميين. وتمثل الأهداف الرئيسية لهذا المشروع في رسم خرائط لأشكال وتوزيع وحالة الموائل البحرية قبالة الساحل السعودي المطل على البحر الأحمر، وتوفير المعلومات والأدوات اللازمة للهيئات الحكومية ذات الصلة في المملكة العربية السعودية كأساس للإدارة في المستقبل والحفاظ على البيئة، لقد تم التركيز من خلال المسوحات والتحقيقات الحقلية والجهود البحثية على جزر فرسان (2006م)، رأس القصبة (2007م)، ومناطق ينبع والوجه (2008م)، وضفة فرسان (2009م)، وقد تم اختيار هذه المناطق لأنها تمثل البيئات البحرية الأكثر تعقيداً في المنطقة، إلى جانب البيئات الضحلة وحتى امتداد 3 – 100 كم عن الشاطيء. في حين لم يتم في هذا الأطلس تضمين مناطق أخرى أقل تعقيداً لأنها في المقام الأول تسود فيها الشعاب الحيدية القريبة من الشاطيء المنحدر نحو المياه العميقة. يعتمد هذا الأطلس على دراسة سابقة (1998 – 1999م) وتعاون من قبل الوكالة اليابانية للتعاون الدولي (JICA) والهيئة السعودية للحياة الفطرية (SWA). ولقد نتج عن هذه الدراسة خرائط موائل للساحل السعودي الشمالي المطل على البحر الأحمر بمقياس رسم 1: 10.000 ، والذي أعد من خلال تحليل الصور الجوية والتحققات الحقلية، وسبق هذا العمل في وقت مبكر، العديد من المسوحات البحرية والرحلات الاستكشافية في البحر الأحمر منها على سبيل المثال: الرحلة الاستكشافية فيليكس بالسعودية (الدنمارك) (1761 – 1767)، تلتها رحلات أخرى عديدة، منها، فيتياز (الاتحاد السوفيتي) (1886 – 1889)، فالديفيا (ألمانيا) (1898 – 1899)، بولا (النمسا) (1895 – 1898)، مجناغي (إيطاليا) (1923) و (1924)، سنيلياس (ألمانيا) (1929 – 1930) (1933 – 1934)، ومباحث (1934 – 1935)، الباطروس (السويد) (1948)/ مانيهيني (1949) و (1952)، كاليبسو (اليونان) (1955)، أتلانتيس وفيما (الولاياتالمتحدة) (1958)، زاريفا (النمسا) (1961)، تشالنجر (الولاياتالمتحدة) (1971)، فالديفيا (ألمانيا) (1971) و (1972)، برنامج سوني (ألمانيا) (1997)، النيزك (ألمانيا) (1961 ، 1999، 2002)، أورانيا (إيطاليا) (2005)، أوشيناس (جامعة الملك عبدالله) (2008)، إيجايو (جامعة الملك عبدالله (2010)، بوسيدون (2011) (السعودية وألمانيا) وإيجايو (جامعة الملك عبدالله) من 2011 وما زالت مستمرة.