عبّرت مصادر رسمية مصرية مسؤولة بملف النيل عن مخاوفها الشديدة من توقيع جنوب السودان الاتفاقية الإطارية المعروفة باتفاقية "عنتيبى" بعد موافقة من مجلس وزراء مبادرة حوض النيل على انضمام جوبا بصفة رسمية، لتصبح العضو رقم 11 لحوض النيل. وأكدت المصادر أن توقيع جوبا سيكون بمثابة "القشة التي ستقصم ظهري مصر والسودان" فهي بذلك ستصبح الدولة السابعة الموقعة على الاتفاقية من دول الحوض ال 11، بسبب خلافاتها المستمرة مع حكومة الخرطوم، رغم تمسك مصر والسودان والكونغو الديمقراطية برفض التوقيع، في حين لا تزال دولة إريتريا "مراقبة" في المبادرة. حسب ما أوردته جريدة اليوم السابع المصرية. ومن جانبه يطالب الدكتور حسين العطفى، وزير الموارد المائية والري السابق، الدكتور محمد مرسى رئيس جمهورية مصر العربية بضرورة وحدة الموقفين المصري والسوداني "الشمال والجنوب"، والسعي لتحسين العلاقة بين شمال السودان وجنوبه، وإذابة جميع الخلافات القائمة بينهما برعاية القاهرة ودعم التعاون بينهما حتى يكون هناك تكامل إقليمي في حوض النيل، فهي مسألة أساسية في حماية الحقوق المائية، فالجنوب يملك المنابع المنصوص عليها في اتفاقية عام 1959 بين مصر والسودان، وقانونًا فإن جوبا ورثت اتفاقية 59، ولذلك فإن التفاوض معها يجب أن يتم بسرعة من أجل التوصل لاتفاق جديد تقوم من خلاله مصر بما يلزم من مشروعات تنموية مقابل أن تنشئ المشروعات المائية التي تزيد من حصتها هي والسودان من خلال استقطاب الفواقد. والجدير بالذكر أن دول حوض النيل وافقت ومعها مصر والسودان على 41 بندًا من 44 بندًا ورفضت دولتا المصب التوقيع على 3 بنود لتهديدها الأمن المائي لهما، وهو البند رقم 8 الخاص بالإخطار المسبق للدول بالمشروعات التي تنفذها على النيل، ثم يأتي البند "14" والمتعلق بالأمن المائي، فكل دولة لها حق الاستخدام العادل والمنصف دون التأثير على أي دولة، وطالبت دولتا المصب بإضافة جملة "عدم التأثير السلبي على الحقوق والاستخدامات المائية". ثم يأتي البند رقم 35 – وهو تعديل بنود الاتفاقية – والذي رفضت مصر الصياغة التي كتب بها من أنه تم ذلك بالتوافق، حيث طالبت مصر بأنه في حال التعديل يكون بالتوافق بأغلبية الثلثين ووجود مصر والسودان معها. وكان وزير المياه لدولة جنوب السودان "بول مايوم" قد أكد في وقت سابق للدكتور هشام قنديل، وزير الموارد المائية والري، أن بلاده لن توقع على اتفاقية "عنتيبى" ما لم تحقق الإجماع بين جميع الدول، وتضمن عدم الإضرار بأي دولة من دول الحوض، خاصة دولتي المصب مصر والسودان.