تستخدم الرئاسة العامة لشؤون المسجد الحرام والمسجد النبوي لتعقيم وفلترة ماء زمزم أجهزة تعد أحدث ما توصل إليه العلم في مجال تعقيم الماء المخصص للشرب، مستمدة الدعم اللامحدود من قيادة المملكة وجهودها في خدمة الحرمين الشريفين ومنظومة خدمات قاصديهما. ولضمان جودة ماء زمزم وخلوه من أي بكتيريا وفيروسات يجري تمريره على أحدث أنظمة التعقيم (وحدات الأشعة فوق البنفسجية) وذلك لقتل البكتيريا والفيروسات بالأشعة فوق البنفسجية بمستوى عالٍ من التعقيم، فيما يقوم الكيلو واط الواحد من الكهرباء بتعقيم (12000) جالون من الماء لضمان عدم تغيّر لون ماء زمزم أو طعمه أو رائحته. وتُستخدم الأشعة فوق البنفسجية في التعقيم والفلترة وذلك بتسليط طاقة ضوئية تنتج من مصابيح زئبقية منخفضة الضغط محمية بأنواع خاصة من الزجاج، تسمح للضوء بالمرور على البكتيريا والفيروسات وغيرها من الأحياء الدقيقة، واختراق الغلاف الخارجي وتدمير الحمض النووي[D. N. A]، ثم دخول المياه إلى أنبوبة أسطوانية توجد بداخلها المصابيح (اللمبات) المولدة للأشعة فوق البنفسجية، ويعتمد عدد اللمبات الموجودة داخل الأسطوانة على حجم الأسطوانة وكمية المياه المراد تعقيمها، كما تُضبط سرعة دخول المياه بحيث تكون بسرعة كافية لقتل أي بكتيريا أو فيروسات. ولأجل الحفاظ على سلامة مياه زمزم تتخذ الرئاسة مجموعة من الإجراءات بدءاً من ضخ مياه زمزم من بئر زمزم في دائرة مغلقة عبر فلاتر تحجز الرمال والشوائب، ومواسير لا تصدأ (استانليس استيل) حتى وصولها إلى خزانات مغلقة تمامًا، ثم تمر على أجهزة التعقيم المبدئية، كما تجري نفس الآلية عند نقلها إلى المسجد الحرام عبر فريق من المتخصصين يشرفون على هذه الأعمال؛ للتأكد من التنفيذ وفق أصول فنية متبَعة، تلبي تطلعات ولاة الأمر -حفظهم الله- وعنايتهم بالحرمين الشريفين وقاصديهما.