لم تشهد القاهرة علاقات مع إيران منذ ما يقارب الثلاثين عاما إلا في عام حكم الإخوان، تقاربا أثار عديدا من التساؤلات حول القواسم المشتركة التي تجعل قيادات الإخوان تضع يدها في يد العدو الأول للمسلمين السنة في العالم العربي. يقول الدكتور محمد شوقي الأستاذ بكلية العلوم السياسية في جامعة القاهرة: بالرغم من سياسات الجمهورية الإيرانية المحلية المناهضة للسنة، فإنه لم يكن لديها مشكلة في إقامة تحالفات إستراتيجية وتكتيكية مع المنظمات السنية ما دامت تخدم مصالحها الخارجية، ويمثل ذلك تعاون إيران مع الإخوان المسلمين، مشيرا إلى أن هذا التحالف منذ قيام الجمهورية الإسلامية. وتابع قائلا «إن القاسم المشترك الذي يجمع بينهما هو اللاوطن، الذي يشترك فيه كل من إيران والإخوان، إذ إن كلا منهما لا يعترف بالقومية العربية ولا بالحدود السياسية بين الدول الإسلامية، وإن الأولوية للاعتبارات الوطنية». وأوضح يسري الغرباوي الباحث السياسي بمركز الأهرام للدراسات الإستراتيجية أن العلاقة بين الإخوان وإيران ظهرت جلية في عام حكم الإخوان لمصر، وباعتبارها الشريك الإستراتيجي لحماية أمن إسرائيل في المنطقة، وفقا للتفاهمات الإيرانية – الإخوانية، فالقضية الفلسطينية تعتبر من القواسم المشتركة بين النقيضين الشيعي والسني في المنطقة، وتوفر إيران للإخوان في كل دول المنطقة، بل حول العالم كل الدعم المادي والعسكري والاستخباراتي كي تدعم موقفهم داخليا. ويرى اللواء طلعت مسلم الخبير العسكري والإستراتيجي أن ما يجمع الإخوان وإيران هدف واحد وإن تباينت المواقف والأيديولوجيات بينهما، هو السلطة والتوسع والهيمنة، إذ تسعى إيران إلى إحياء الامبراطورية الفارسية المزعومة وهو الهدف ذاته الذي يسعى إليه الإخوان وهو استعادة الخلافة والتوسع والهيمنة على السلطة بأي ثمن. ويؤكد اللواء محسن حفظي مساعد وزير الداخلية السابق للأمن العام أن الخيط الرئيسي الذي يجمع الإخوان بإيران هو الإرهاب كوسيلة إستراتيجية لفرض السطوة والنفوذ على الآمنين، كما يعتقد أن كليهما لا يتورع عن اللجوء إلى أي وسيلة لتبرير تحقيق الهدف ولا مانع لديهما من الكذب وقلب الحقائق واستخدام الإرهاب وزعزعة الاستقرار، وهي أساليب أجادا ممارستها تماما. من جهته يثمن الدكتور محمد كمال خبير الشؤون الإيرانية الرأيين السابقين ويؤكد تشابه النهج الإخواني للسياسات الإيرانية من حيث استخدام القوة وزعزعة الأمن والاستقرار داخل الدول، والتستر وراء قضايا وطنية مثل القضية الفلسطينية لدغدغة مشاعر الشعوب واللجوء إلى ما يسمى بفقه الضرورة من خلال ممارسة الخداع والكذب، وهو أمر لمسناه في سياسات إيران كما هو في سلوك الإخوان. لكنها لم تنطل على الشعوب خاصة في مصر والعديد من الدول العربية والإسلامية، حيث تزعم إيران العداء لإسرائيل لإلهاء الشعوب الإسلامية وتنفتح بقوة على الغرب السند الرئيسي لها.