كشفت الهيئة العامة للطيران المدني أن حجم الإيرادات المتراكمة غير المحصلة لها بلغ 15,226,422,764 ريالا حتى تستطيع تغطية تكاليفها الاستثمارية والتشغيلية. وأكد مصدر رسمي في الهيئة أن إجمالي الإيرادات المحصلة خلال العام المالي 1432ه 1433ه بلغ 1,966,003,735ريالا، فيما تنتظر الهيئة البت في بقية مستحقاتها لدى الخطوط السعودية وعدة جهات حكومية أخرى لتتمكن من تغطية تكاليفها الاستثمارية والتشغيلية . ووفق المصدر، فإن هيئة الطيران المدني تواجه العديد من المعوقات، إضافة لعدم تحصيل إيرادات الهيئة والتي يأتي منها: تفعيل مسؤوليات الهيئة المتعلقة بتنظيم قطاع الطيران المدني في تحديد أسعار تذاكر السفر، والعمل على تطبيق التطبيقات العالمية، ما يساعد الراكب في إيجاد البدائل، ويجعل شركات النقل الوطنية في وضع سعر عادل ومتعدد للسفر، حسب أولويات الحجز، وصعوبة استقطاب الكوادر المتخصصة التي تتمتع بقدرات وخبرات وكفاءات تتمشى مع توصيات منظمة الطيران المدني الدولي، منهم محققو حوادث الطيران والسلامة ومهندسو الطيران، وطيارو الفحص الجوي، وارتفاع أسعار الوقود في مطارات المملكة، مقارنه مع الدول المجاورة، ما يحد من استقطاب المزيد من الناقلات الأجنبية، وإعطاء مجلس إدارة الهيئه مرونة في إجازة بعض الأمور التي تأخذ وقتا طويلا لإقرارها تفعيلا لمسؤوليات المجلس الواردة في تنظيم الهيئة، مثل تمديد العقود أو زيادة تكاليف البعض منها، بما لايزيد عن 10 في المئة؛ وذلك بدلا من رفع الأمر للمقام السامي، أو سحب المشروع من المقاول المتعث، وترشيح البديل لأن الإجراءات اللازمة لذلك تستغرق وقتا طويلا ، ومن ثم يتأخر إنجاز المشاريع واعتماد اللوائح الوظيفية والمالية للهيئة من ممارسة صلاحيتها، والتسريع في تحويل القطاعات والمطارات المستهدفة بالتخصيص إلى وحدات عمل مستقلة متخصصة .