كشف تقرير صادر عن ديوان المراقبة العامة، أن الديوان يعاني من 4 معوقات تعوقه عن أداء مهامه الرقابية على الأجهزة والمؤسسات الحكومية، من أبرزها عدم توفر الاستقلال الإداري والمالي أسوة بأجهزة الرقابة المالية والمحاسبة في الدول المتقدمة والعديد من الدول العربية، مما يضعه تحت تأثير ونفوذ بعض الأجهزة التنفيذية المشمولة برقابته. وكشف التقرير أن ديوان المراقبة يعاني من نقص في الكوادر البشرية المؤهلة علميا والمدربة عمليا ومهنيا في حقول المحاسبة والمراجعة ورقابة الأداء والتحليل المالي، وعدم استقرار الموجود منهم، وتسربها بعد الحصول على التدريب واكتساب الخبرة العملية والمهارات الفنية في أساليب الرقابة والمراجعة والتحليل المالي. وبين التقرير أيضا، وجود ضعف في إمكانات الحاسب الآلي بالديوان وهو ما يعيق تنفيذ خطة التحول من الوسائل اليدوية في العمليات المالية والمحاسبية، وإعداد الحسابات الختامية إلى الوسائل الإلكترونية، ومن ضمن المعوقات الإدارية الأخرى وظيفة نائب رئيس الديوان حيث يشتمل الهيكل التنظيمي للديوان المعتمد بالأمر السامي الكريم رقم 7/507/م في 28/3/1406ه على وظيفة نائب رئيس للرئيس. وبالرغم من صدور التوجيه السامي لوزارة المالية برقم 10453 وتاريخ 26/12/1430ه المتضمن تلبية طلبات الديوان ومن ضمنها الوظائف المالية والفنية والإدارية والتجهيزات التقنية المطلوبة لمركزه الرئيس، وجميع فروعه القائمة والمستحدثة فإنه يعاني من عدم تخصيص الاعتمادات المالية اللازمة لذلك، أو تفعيل ما اشتمل عليه نظام الديوان من حوافز للموظفين الفنيين لتأمين استقرارهم والحد من تسربهم.