لا يزال ديوان المراقبة العامة يواجه في ممارساته لمهامه الرقابية عدداً من المعوقات مثل ضعف إمكاناته المادية والبشرية وعدم تجاوب بعض الجهات المشمولة برقابته واستمرارها في حجب المعلومات وكذلك عدم تمكين الديوان من ممارسة اختصاصاته بحرية واستقلالية تامة. ويعاني الديوان حسب ماذكر في تقرير إنجازاته الأخير للعام المالي (27-1428) من تقادم بعض الأنظمة المالية ولوائحها وقصورها عن مواكبة كثير من المستجدات في حقول الإدارة والتنظيم والمالية العامة، مما يؤدي إلى كثرة المخالفات للأنظمة واللوائح وتجاوزها ومن ثم اختلاف وجهات النظر حيال تفسير تلك النصوص، الأمر الذي يؤكد الحاجة إلى تحديث الأنظمة المالية والمحاسبية واستحداث ما هو ضروري منها لمواكبة التطورات المتلاحقة في حقول الإدارة المالية والمحاسبة والمراجعة والإسهام الفاعل في تنفيذ توجهات الدولة للإصلاح الشامل. وأوضح التقرير أن الديوان لازال ينتظر نظامه الجديد الذي رفعه للمقام السامي ويتطلع إلى الموافقة على مشروع نظامه ليطور هيكله التنظيمي بما يؤدي إلى دعم وتقوية الدور الرقابي للديوان في تحقيق الانضباط المالي والإداري والمحافظة على المال العام والتحقق من حسن استخدامه. وذكر التقرير انه قد روعي في إعداد مشروع نظامه الجديد تأكيد استقلالية الديوان وتحديد اختصاصاته وأساليب مباشرة مهامه الأساسية وسبل توفير المتطلبات المادية والبشرية والفنية التي تمكنه من النهوض بمسؤولياته في حماية المال العام بدقة وفعالية تامة والتحقق من كفاءة استخدام الموارد والمرافق بأساليب اقتصادية رشيدة، علماً بان مجلس الشورى قد أصدر خمس قرارات عند دراسته تقارير سابقة تؤكد جميعها على أهمية الإسراع في تحديث نظام الديوان وتضمينه الأسس التي تكفل له الاستقلال الإداري والمالي وما يلزم من أحكام ليكون أكثر قدرة على الحفاظ على أموال الدولة الثابتة. ومن أبرز المعوقات التي يواجهها الديوان حجب وزارة المالية للسجلات والدفاتر المحاسبية وبالتالي عدم تمكين الديوان من فحص الحساب الختامي للدولة ميدانياً بوزارة المالية، وطالب الديوان بتمكينه من فحص هذا الحساب ليطلع على الدفاتر والسجلات والقرارات والأوامر التي أعد في ضوئها الحساب الختامي للدولة تنفيذاً للمادة العاشرة من نظام الديوان، ويشتكي الديوان من عدم تمكينه من فحص حسابات البنوك التي تساهم فيها الدولة رغم مارفعه رئيسه لوزير المالية والذي أفاد الديوان بأن الدور الرقابي الذي تمارسه مؤسسة النقد ملائماً ويفي بالغرض. وقد حال هذا الموقف من وزارة المالية دون ممارسة الديوان لاختصاصاته في مراجعة وتدقيق حسابات تلك البنوك مما شجعها على عدم السماح للديوان بقيامه بدوره الرقابي ويعتبر ذلك مخالفة صريحة لنظام الديوان ولائحة رقابته على المؤسسات الخاصة والشركات، كما أن إشراف مؤسسة النقد وفقاً لنظام مراقبة البنوك يختلف تماماً عن طبيعة الدور المنوط بالديوان. وأشار التقرير إلى من أهم ما يعيق عمل الديوان عدم تعاون بعض الجهات المشمولة برقابته في تقديم المستندات والبيانات والمعلومات التي تتطلبها أعمال المراجعة وتأخرها في التجاوب مع ما يبديه الديوان من ملاحظات، ويتطلع الديوان إلى صدور توجيه سام لجميع الأجهزة الحكومية والمؤسسات العامة يؤكد ماتضمنه قرار مجلس الوزراء بهذا الشأن من أن على جميع الجهات الخاضعة لرقابة الديوان الالتزام بالرد على ملحوظاته وإيضاح الإجراءات التي اتخذتها لتحصيل المبالغ التي أبدى الديوان ملحوظاته بشأنها خلال شهر من تاريخ إبلاغه. وأوضح التقرير الحاجة لتبني استخدام أنظمة الحاسب الآلي في جميع العمليات المالية والمحاسبية بأجهزة الدولة والتحول من الوسائل التقليدية في إعداد الحسابات والبيانات المالية إلى الوسائل الالكترونية وتقديم بياناتها للمراجعة على أقراص مدمجة بدلاً من المستندات الورقية. ويعاني ديوان المراقبة العامة من نقص الكوادر البشرية المؤهلة والمدربة في حقول المحاسبة والمراجعة ورقابة الأداء والتحليل المالي، وتسرب الكوادر الموجودة منها بسبب المغريات المادية في عدد من مؤسسات الدولة وشركات القطاع الخاص ويرى الديوان ضرورة دعم جهازه الفني والإداري باعتماد الوظائف والمخصصات المالية الكافية وتفعيل ما اشتمل عليه نظامه من حوافز ومن ذلك ما نصت عليه المادة التاسعة والعشرون من صرف بدل تفرغ لمن يستحق من موظفي الديوان الفنيين بقرار من مجلس الوزراء بناء على مقترح رئيس الديوان. ومن المعوقات الإدارية التي أوضحها التقرير تحوير ونقل وظيفة نائب رئيس الديوان، ويتطلع الديوان إلى صدور الموافقة السامية على اعتماد وظيفة النائب بالمرتبة الممتازة.