احتج عدد كبير من علماء الأزهر علي تصريحات شيخ الأزهر الجديد الدكتور أحمد الطيب والتي رحب فيها بعودة الطلاب الشيعة الإيرانيين للدراسة بجامعة الأزهر, خوفا من دعوتهم للتشيع داخل جدران الجامعة. وأصدرت جبهة علماء الأزهر بيانا استنكرت فيه هذه التصريحات وأبدت الجبهة تخوفها من تحول جامعة الأزهر إلى جامعة شيعية بعد إغراقها بالطلبة الشيعة من إيران والدول الموالية لها. وأبدى الدكتور أحمد الطيب، شيخ الأزهر, ترحيبه في وقت سابق, بعودة الطلاب الإيرانيين للدراسة فى معاهد وجامع الأزهر وذلك أثناء زيارته لمقر الرابطة العالمية لخريجى الأزهر. وأكد شيخ الأزهر أنه سيصدر قرارا بعودة الطلبة الإيرانيين فى معاهد وجامعة الأزهر إذا طلبت إيران ذلك دون أدني معارضة, على حد قوله. وكانت جامعة الأزهر تستقبل جميع الطلاب الشيعة من إيران والعراق وقطر والبحرين وكافة الدول العربية حتى نشبت الأزمة السياسية بين مصر وإيران إثر قيام الرئيس المصري محمد أنور السادات باستضافة شاه إيران, بعد قيام الثورة الشيعية في إيران ورفض السادات تسليم شاه إيران إلى حكومة الخميني. إلا أن توافد الطلاب الايرانيين لم ينقطع وإن كان قد تضاءل بصورة كبيرة حتي قامت أجهزة الأمن المصرية برفع تقارير سرية للسادات كشفت عن وجود خلايا شيعية موالية للنظام الإيراني تضم عددا من الطلاب الشيعة العرب من مختلف الدول العربية, وكان يتزعمهم طالب عراقي يدعي علي البدري. وكان البدري مكلفا من المرجع الشيعي أبو القاسم الخوئي, أحد أبرز زعماء الثورة الإيرانية, بتكوين خلايا شيعية في مصر. وتمكن البدري من استقطاب عدد من مشايخ الأزهر مثل الشيخ حسن شحاتة وحسين الضرغامي ومحمد عبد الحفيظ المصري الذين أعلنوا تشيعهم وخروجهم علي المذهب السني وطالبوا بتحويل جامعة الأزهر إلى جامعة "فاطمة الزهراء". وفي الآونة الأخيرة تم الكشف عن عدد من التنظيمات الشيعية التي ضمت طلابا من عدة دول خليجية ؛ الأمر الذي زاد من توتر العلاقات بين البلدين.