أفتى نحو 60 عالما من علماء الدين الإسلامي في عدد من الدول العربية والإفريقية، بحرمة التصويت لصالح انفصال جنوب السودان، مُحذرين في بيان لهم من خطورة الاستفتاء المزمع عقده الأحد 9 يناير لتقرير مصير الجنوب. جاء في البيان الذي وقَّع عليه 60 عالما من مصر والسودان ونيجيريا والمغرب وليبيا ولبنان والسعودية وتركيا وفلسطين ونيجيريا، أن التصويت لصالح انفصال جنوب السودان عن شماله، يُحرّمه الشرع الإسلامي، مشددا على أهمية العمل على إفشال ما وصفه بالمخطط المعد من قبل الاستعمار لفصل جنوب السودان عن شماله، الذي تروّج له جهات وشخصيات تقدم تطلعاتها الشخصية على مصالح الأمة. كما دعا العلماء قادة الأمة وأهل الرأي إلى اليقظة في مواجهة مخطط يسعى إلى تقسيم السودان، معتبرين أن انفصال الجنوب يأتي في إطار مؤامرة عالمية لإقصاء العروبة والإسلام، تُغذيها جهات كثيرة إقليمية ودولية، لافتين إلى أن المؤامرة لا تستهدف السودان وحده، نظرا لأن جنوب السودان هو بوابة الإسلام والعروبة إلى إفريقيا. وفقا لما أوردت صحيفة (الأهرام) الأربعاء 5 يناير 2011. وأكد البيان أن توحد القوى العالمية الغربية ودعمها حركات التمرد والانفصال في الدول العربية بكل الوسائل، يهدف إلى تفتيت الأمة العربية، مُدللا على ذلك بما حدث في تيمور الشرقيةوجنوب السودان، ومحذرين من تكرار ذلك في دارفور وسائر أنحاء الأمة. وقال موقع (إفريقيا اليوم) إن من الموقعين على البيان الدكتور يوسف القرضاوي رئيس الاتحاد العالمي لعلماء المسلمين، والدكتور نصر فريد واصل مفتي الديار المصرية الأسبق، والبروفيسور الحبر يوسف نور الدايم المراقب العام لجماعة الإخوان المسلمين بالسودان، والشيخ داود عمران ملاسا رئيس جماعة تعاون المسلمين بنيجيريا، والشيخ حسين حلاوة الأمين العام للمجلس الأوروبي للإفتاء، والشيخ فيصل مولوي الأمين العام للجماعة الإسلامية بلبنان سابقا، والشيخ عبد المجيد الزنداني رئيس جامعة النجاح باليمن، والبروفيسور خورشيد أحمد نائب أمير الجماعة الإسلامية بباكستان، والشيخ محمد عاطف رئيس الجمعية الأفغانية للإصلاح والتنمية الاجتماعية، والشيخ حامد البيتاوي رئيس جمعية علماء فلسطين، والداعية الدكتور صفوت حجازي.