آلية القرعة ستكون تقليدية، حيث سيتم توزيع 12 منتخبا على المجموعتين بواقع ستة منتخبات في كل مجموعة وستتم مراعاة المستويات الستة بحيث لا يتقابل منتخبان من مستوى واحد، وتم اعتماد المستويات بناء على التصنيف الدولي لكرة القدم «الفيفا» الصادر في شهر أبريل. وستقام منافسات الدور الثالث بنظام الدوري المجزأ من مرحلتين، على أن تجرى المباريات من 1 سبتمبر 2016 م حتى 5 سبتمبر 2017 م. ويتأهل صاحبا المركزين الأول والثاني في كلتا المجموعتين إلى نهائيات كأس العالم 2018 في روسيا، في حين يتنافس المنتخبان الحاصلان على المركز الثالث ضمن الملحق الآسيوي لتحديد المنتخب المتأهل إلى الملحق العالمي لمواجهة ممثل كونكاكاف.