يمر الاتحاد الافريقي لكرة القدم باكبر مأزق مر به منذ تكوينه وهو المأزق الخاص بتصفيات كأس الامم الافريقية التي ستقام عام 2006 في مصر وتصفيات مونديال المانيا الذي سيقام في نفس العام وذلك لان الاتحاد حدد بطولة الامم لتكون مؤهلة للمونديال حيث ستصعد المنتخبات الخمسة الاوائل للمونديال لكنه لم يحدد هل ستكون التصفيات المؤهلة لأمم افريقيا هي المؤهلة للمونديال ام لا. وقد بدأت الازمة حينما اعلن الكاف ان مصر التي ستنظم امم 2006 ستخوض تصفيات البطولة مما اثار استياء المسئولين المصريين الذين احتجوا على أساس انه لا يصح ان تقام البطولة في مصر ولا يشارك المنتخب المصري فيها اذا ما اخفق في التأهل عبر التصفيات، ولكن الكاف صحح هذا الظن واقر نظاماً معقداً للغاية حيث قال ان التصفيات التي ستخوضها مصر ستكون خاصة بالتأهل للمونديال بمعني انه اذا اجتازت مصر التصفيات فستنافس على كأس الامم وعلى التأهل للمونديال ايضاً، اما اذا لم تجتاز التصفيات فانها ستشارك في البطولة ايضاً لكنها ستنافس على الكأس فقط ولن تنافس على الصعود للمونديال حتى لو فازت ببطولة افريقيا. ورغم ان الكاف ارجأ اتخاذ القرار النهائي بشأن هذه التصفيات الا ان كل المؤشرات تقول انه سيعتمد النظام المعقد السابق بالنسبة لصاحب الارض حامل اللقب في بطولات الامم المؤهلة لكأس العالم لكن المهندس هاني ابو ريدة امين صندوق اتحاد الكرة المصري سخر من هذا النظام المعقد وقال ان الكاف سيحتاج لارسال مدرس لكل دولة افريقية لتلقين مسئوليها كيف سيلعبون وفق هذا النظام غير المفهوم.