وجه عدد من المسؤولين ورجال الدين الفلسطينيين انتقادات غير مسبوقة إلى منظمة الأممالمتحدة للتربية والعلوم والثقافة "اليونسكو" ، متهمين إياها بتوفير غطاء للسلطات الإسرائيلية لتنفيذ عمليات هدم لمواقع أثرية إسلامية مجاورة للمسجد الأقصى. وقال الشيخ عكرمة صبري، رئيس الهيئة الإسلامية العليا: "من المؤسف أن المؤسسات الدولية غير مدركة لما يجري في هذه المدينة ومنظمة (اليونسكو) التي أباحت وأجازت للسلطات المحتلة إجراء ترميمات، حسب زعمها، في حارة المغاربة أعطت الشرعية لسلطات الاحتلال بإجراء تغييرات شاملة في منطقة باب المغاربة الحافلة بالآثار والتراث الإسلامي". وأضاف خلال مؤتمر صحافي عقد في القدس : "لم نسمع أي احتجاج من قبل منظمة اليونسكو على إزالة هذه الآثار والآن ها هي تجيز لإسرائيل أن تقيم كنيس في ساحة المغاربة". وتابع: نحن لا نقر ولا نعترف بقرار "اليونسكو" لأن ارض المغاربة هي وقف إسلامي وهي من مسؤولية الأوقاف الإسلامية ونعتبر أن منظمة "اليونسكو" كانت متحيزة وغير موضوعية في قرارها بدوره، انتقد حاتم عبد القادر، مستشار رئيس الوزراء لشؤون القدس، منظمة "اليونسكو" بالخروج عن المبادىء الدولية وعن الشرعية الدولية والقرارات الدولية، مشيرا إلى أن "القرار الذي اتخذته خطير فهو أولا اعتراف بشرعية الاحتلال في القدس وثانيا يعطي إسرائيل تفويضا ويطلق يدها للعمل في المسجد الأقصى سواء في باب المغاربة أو في داخل المسجد الأقصى وثالثا فان القرار هو بداية لفرض سيطرة إسرائيلية بمظلة دولية على المسجد الأقصى .. هذا هو معنى قرار اليونسكو". وطالب عبد القادر منظمة المؤتمر الإسلامي بعقد جلسة طارئة سواء على مستوى وزراء الخارجية أو حتى على مستوى القمة من اجل التصدي لمثل هذا القرار لأن تمريره يعني ان إسرائيل قد أخذت غطاء دوليا للسيطرة على المسجد الأقصى".