دعا زعيم تنظيم القاعدة أيمن الظواهري في رسالة صوتية نشرت على الانترنت إلى وقف القتال بين "اخوة الجهاد والاسلام" في سوريا، وذلك بعد احتدام القتال بين الفصائل المعارضة. ووجه الظواهري في رسالته التي تتزامن مع انطلاق مؤتمر جنيف 2، نداءا الى "كل المجموعات الجهادية … وكل حر في الشام يسعى لاسقاط حكم الاسد"، وقال "ندعوهم جميعا لأن يسعوا إلى إيقاف القتال بين اخوة الجهاد والاسلام فورا". ودعا الظواهري هذه الفصائل إلى "إيقاف هذه الفتنة" معتبرا أن " أخوة الاسلام التي بيننا هي أقوى من كل الروابط التنظيمية الزائلة والمتحولة"، مشددا "وحدة صفكم فوق الانتماء التنظيمي والعصبية الحزبية". كما قال زعيم تنظيم القاعدة أنه يمكن أن "يضحى بهذه الروابط … إذا تعارضت من تآلفكم ووحدتكم واصطفافكم في صف واحد … لمواجهة عدوكم العلماني الطائفي الذي تدعمه القوى الرافضية الصفوية وروسيا والصين وتتواطأ معه القوى الصليبية". وخلص إلى القول "نعتبر التنظيمات الجهادية … هم إخواننا الذين لا نقبل أن يصفوا بالردة والكفر". ودارت معارك عنيفة منذ مطلع الشهر بين تشكيلات من المقاتلين المعارضين وعناصر الدولة الاسلامية في العراق والشام المرتبطة بالقاعدة في مناطق واسعة من شمال سوريا. وشاركت جبهة النصرة التي سبق أن اعتبرها الظواهري ممثل تنظيم القاعدة في سوريا، إلى جانب مقاتلي المعارضة المؤلفين من "الجبهة الاسلامية" و"جيش المجاهدين" و"جبهة ثوار سوريا" في بعض هذه المعارك ضد تنظيم الدولة الاسلامية، في حين تبقى على الحياد في مناطق اخرى. وتأسست جبهة النصرة في كانون الثاني/يناير 2012 وتبنت العديد من الهجمات التي استهدفت مراكز عسكرية وامنية تابعة للنظام السوري. ورفضت الجبهة في نيسان/ابريل 2013 اعلان ابو بكر البغدادي، زعيم الفرع العراقي لتنظيم القاعدة، دمج "دولة العراق الاسلامية" والجبهة تحت مسمى "الدولة الاسلامية في العراق والشام". ودعا زعيم "الدولة الاسلامية في العراق والشام" أبو بكر البغدادي الاحد الفصائل المسلحة التي تقاتل ضد تنظيمه الى الصلح والتفرغ لقتال "النصيرية والروافض"، في اشارة الى النظام السوري، وذلك في تسجيل صوتي بثته مواقع جهادية.