تعكف هيئة المدن الاقتصادية على تنفيذ اللائحة الجديدة والمنظمة لسير السفن التجارية داخل موانئ المدن الاقتصادية في المملكة ضمن مخطط جديد يهدف إلى الرقي بإدارة الميناء وعملياته. وكشف التنظيم الجديد أن هيئة المدن الاقتصادية تعتبر سلطة تنظيم الموانئ في المدن الاقتصادية في المملكة والتي يوكل إليها منح الأذونات والتراخيص في مجال التخليص الجمركي والأنشطة الأخرى في الموانئ مع تفويضها في إدارة وتشغيل موانئ المدن الاقتصادية وتعزيز وتطوير استخدم الميناء وحفظ النظام ووضع المعايير الخاصة بإنشاء وإصلاح وتطوير مؤانئ المدن وتنظيم الأنشطة المتعلقة بها والتي تمارس في حدودها وضمان توفير الخدمات البحرية الفاعلة وفرض الرسوم والمستحقات والتعرفة وإصدار اللوائح الخاصة بحجز برهن وحجز السفن وإصدار قواعد استئجارها وتحديد عقوبات الإخلال بلوائح التنظيم. وشدد النظام الجديد على جملة من المخالفات داخل الموانئ في المدن الاقتصادية وصفها التنظيم بأنها مخالفات ذات أولوية قصوى منها الازالة المتعمدة أو الإتلاف الواضح والتهرب من سداد الرسوم أو المستحقات أو إدارة خدمات الميناء بدون ترخيص التدخل في حركة ملاحة السفن التجارية أو استخدام السفن المعيبة التي تعرض للخطر أو إثقال السفن بأكثر من طاقتها. وبين النظام أن للهيئة حق تحديد رسوم أومستحقات الميناء أو الخدمات أو تجديد التصاريح أو رسوم الرعاية البحرية ومستحقات الميناء ورسوم الإرشاد والمبالغ المفروضة على البضائع على أن تكون الرسوم متلائمة مع المقدرة التنافسية مع الموانئ العالمية فيما أكد التنظيم انه يحق لناظر الميناء احتجاز أي سفينة بسبب عدم سداد الرسوم أو المستحقات وفق متطلبات النظام الدولي. وكشف النظام أن للهيئة كامل السلطة في فرض ومنح التراخيص للأفراد والشركات أو التكتلات لممارسة أي عمل مثل أنشطة التطوير وإنشاء الأعمال التجارية والأنشطة الاستثمارية وتقديم الخدمات والتشييد وخدمات الصيانة أو مزاولة الأنشطة الحكومية مثل التفتيش والمطابقة وخدمات البلديات والجمارك والتسجيل وتسوية المنازعات مع أهمية تحديد تفويض السلطات للذي تمنحه الهيئة في الترخيص. النظام الجديد بيّن أدوار ومهام مشغل الميناء والمطور الرئيس ومالكي السفن والمشغلين حيث أكد أن مالك السفينة والربان هو المسؤول الأول امام الهيئة والمطور والمشغل عن أي أضرار ناجمة للميناء فيما قضى النظام بأن لوكالة الموانئ والجمارك داخل المدن الاقتصادية استخدام مرشدين أو تفويض أشخاص للعمل وفقا للوائح الهيئة.