استنكر المجلس الأعلى العالمي للمساجد في رابطة العالم الإسلامي أعمال الحفر والهدم التي تنفذها إسرائيل تحت المسجد الأقصى، والتخطيط لإقامة كنيس يهودي ومدينة سياحية على جزء من الأراضي التابعة للمسجد الأقصى وطالب مجلس الأمن وهيئة الأممالمتحدة بالإسراع في اتخاذ التدابير المطلوبة لحماية هذا المسجد المبارك والأراضي والأوقاف التابعة له. واستنكر ما تتعرض له بعض المساجد في بعض الدول من اعتداءات وانتهاكات لحرمتها، ومن ذلك الاعتداءات الإسرائيلية على عدد من المساجد في فلسطين بالهدم والإحراق، وندد بالاعتداءات التي تتعرض لها المساجد في العراق وما يحدث في بعض دول أوروبا من إغلاق لبعض المساجد ومنع بناء أخرى، وقيام متطرفين بالاعتداء على المساجد وتدنيسها، وأعرب عن استيائه من الحملة المناهضة لبناء المآذن في سويسرا مما يمثل انتهاكاً لحقوق المسلمين ويعارض التزامات سويسرا الدولية في مجال حقوق الإنسان وحرية التعبير والاعتقاد، وأعرب المجلس عن قلق المسلمين لما يدور في بعض الدول من توجه لاستصدار تشريع يحظر الحجاب في المدارس والأماكن العامة والدوائر الحكومية، وأكد على ما تضمنته المواثيق والأعراف الدولية من احترام حقوق الإنسان وخاصة ما يتصل بالحقوق الدينية وفقاً لما هو منصوص عليه في قانون الحريات الدينية.