أنهت اللجنة الوزارية للتنظيم الإداري دراسة أولية لمشروع إعادة الهيكلة التنظيمية للمؤسسة العامة الموانئ واختصاص وحداتها الإدارية، لكنّ الدراسة لم تحدد الموعد الزمني لبدء إعادة الهيكلة التي تجئ في وقت تعاني فيه الموانئ السعودية من العديد المشكلات الإدارية والتشغيلية. ووفق تقرير حديث للمؤسسة العامة الموانئ حصلت "الرياض" على نسخة منه، فإن دراسة إعادة الهيكلة تقضي بأن تتمتع المؤسسة بالاستقلال المالي والإداري لإدارة نشاطاتها بالأسلوب التجاري، وتعديل الوضع النظامي الحالي للمؤسسة ليكون بعيداً عن القيود والأنظمة والإجراءات المعمول بها في الأجهزة الحكومية الأخرى، إلى جانب تعديل مهامها لتتفق مع الوضع التشغيلي الحالي للموانئ السعودية. ومنحت توصيات الدراسة مجلس إدارة المؤسسة الاستقلالية الكاملة في إدارة كافة نشاطات الموانئ بما فيها صلاحية تحديد الرسوم والأجور، إضافة إلى تطبيق الأنظمة المالية التجارية دون الرجوع إلى أي جهة حكومية أخرى أو حتى ربطه بموافقتها، والسماح للمؤسسة باستخدام مواردها المالية والصرف منها على نشاطاتها ومشروعاتها التطويرية ورد الفائض من الإيرادات لخزينة الدولة مع إبقاء نسبة لاتتجاوز 20 في المائة كاحتياطي مثل ما هو معمول به في بعض الهيئات الحكومية. وتضمنت الدراسة قيام المؤسسة بإعداد أنظمة الموارد البشرية دون الحاجة إلى الرجوع لوزارة الخدمة المدنية تماشياً مع متطلبات العمل بالأسلوب التجاري وتطبيق نظام العمل والتأمينات الاجتماعية على العاملين في المؤسسة والموانئ، وإعادة بناء الهياكل التنظيمية للمؤسسة وموانئها وفقاً لأفضل الممارسات المعمول بها في الموانئ العالمية المتميزة، إضافة إلى تركيز جهاز المؤسسة الرئيس على التخطيط الإستراتيجي ووضع معايير مقاييس الأداء في عمليات الموانئ وإعداد الخطط التسويقية والترويجية وإدارة الجوانب المالية والموارد البشرية المركزية وتركيز إدارات الموانئ على الإشراف الكامل على عمليات التشغيل والتطوير في الميناء بما في ذلك تنفيذ ميزانيته وتنفيذ الأعمال في كل ميناء وتسويق خدماته. وتأتي المقترحات والتوصيات التي خرجت بها الدراسة لمعالجة المشكلات العالقة، خصوصاً بعد إسناد إدارة وتشغيل وصيانة جميع مرافق ومحطات الموانئ إلى القطاع الخاص لإدارتها بأسلوب تجاري تماشياً مع التوجه العام للدولة نحو التخصيص والذي أصبح من الضروري على إثره منح المؤسسة في المرحلة المقبلة الاستقلال المالي والإداري بما يتلاءم مع طبيعة عقود التخصيص والمرونة التي تتطلبها العلاقة بين طرفي التعاقد. إلى ذلك وحسب تقرير المؤسسة للعام المالي الأخير(28 1429) فقد بلغت إيرادات المؤسسة (3002) مليون ريال بما يزيد بمقدار (1196) مليون ريال عما كان مقدراً لها في خطة التنمية لنفس العام والتي بلغت (1805،9) مليون ريال وزادت عنه إيرادات العام السابق بمقدار(487) مليون ريال، أما المصروفات التشغيلية فزادت عن العام الماضي بنسبة (6%) متجاوزةً المقدر لها في خطة التنمية، وكانت أسباب الزيادة ارتفاع الأسعار وزيادة الرواتب فضلاً عن أن تقديرات الخطة الثامنة وضعت قبل حوالي (6) سنوات في ظل أوضاع مالية واقتصادية تختلف عن الأوضاع السائدة التي لم تكن متوقعة.