اعترفت هيئة الرقابة والتحقيق بعدم تنفيذ كافة البرامج الرقابية التي يفترض أن تقوم بها على المدن والقرى التي تقع في دائرتها وعلى سفارات المملكة في الخارج ومنها البرامج الرقابية على الأجهزة الحكومية المعنية لتقديم الخدمات للحجاج والمعتمرين ، وأرجعت هذا القصور إلى عدم كفاية بنود ميزانيتها وأكدت أن بند التدريب يحتاج إلى الدعم لزيادة تدريب موظفيها كما أن بند المصاريف السفرية يواجه العجز المادي . وأبرز تقرير سنوي مرفوع إلى خادم الحرمين الشريفين الملك عبدالله بن عبدالعزيز حفظه الله عدداً من الصعوبات التي تواجهها هيئة الرقابة والتحقيق وتعيق أداء مهامها التي أنشئت من أجلها كما قدمت عدداً من المقترحات التي ترى أنها تعالج أوجه الخلل والقصور وتزيل الصعوبات التي من أهمها عدم توفر كادر (سلم ) وظيفي لأعضاء الهيئة من المراقبين والمحققين مماثلاً لما يتمتع به أعضاء هيئة التحقيق والادعاء العام وديوان المظالم والمراقبة العامة الذين يساوونهم في العمل والمؤهل دون ميزة يختص بها المراقب والمحقق في الهيئة مما أدى إلى تسرب كفاءاتها المدربة إلى جهات أخرى . ومن تلك الصعوبات عدم كفاية عدد المراقبين والمحققين خاصة في ظل اتساع المملكة وتعدد مناطقها وانتشار المصالح الحكومية فيها وكثافة سكانها ،وأيضاً عدم اعتماد وظائف كافية لأقسامها النسائية بالفروع مما يحول دون تنفيذ العمل الرقابي النسائي على النحو الذي يطمح إليه .وأوضح التقرير أن الهيئة تعاني قلة الوظائف العليا ( بعد المرتبة العاشرة) في مجال الرقابة والتحقيق كما تشتكي من قلة الوظائف المالية والإدارية وعدم وجود بند للتشغيل والصيانة لتتمكن من التعاقد من خلاله مع شركات متخصصة في أمن وسرية المعلومات . وكان آخر تلك الصعوبات التي أوردها تقرير الهيئة هو غياب البند المستقل الذي يمكن الرقابة والتحقيق من الصرف على أعمال العمرة والحج ولا يكفي البند الحالي لانتداب المحققين لإجراء التحقيق في بعض القضايا التي تستدعي انتدابهم ، إضافة إلى عجز البند المخصص لخارج وقت الدوام . وطالبت الهيئة ضمن سبعة مقترحات ضمنتها تقريرها بإيجاد كادر (سلم ) وظيفي خاص بأعضاء الهيئة من المراقبين والمحققين يوفر مزايا مادية تضمن أداء العمل متكاملاً ويحافظ على العاملين والكوادر المؤهلة ، واقترح زيادة الاعتمادات المالية في ميزانية الهيئة السنوات القادمة لكافة البنود ودعمها بالعدد الكافي من الوظائف ( بعد العاشرة ) ووظائف المرتبة السادسة للمراقبين والمحققين وأيضاً الوظائف النسائية وكذلك إيجاد بند مستقل للصرف على أعمال موسم الحج والعمرة .