تتمحور رسالة الهيئة حول ضمان سلامة الغذاء والدواء للإنسان والحيوان وسلامة المستحضرات الحيوية والكيميائية والمنتجات الإلكترونية التي تمس صحة الإنسان. ولأهمية هذه المسؤوليات، فهي ترتبط مباشرة برئيس مجلس الوزراء، وكفل قرار التأسيس الصادر في 7 / 1 / 1424ه للهيئة القيام بجميع المهمات الإجرائية والتنفيذية والرقابية التي تمكنها من أداء رسالتها بكفاءة. وفي ضوء ذلك فالهيئة هي الجهة التي تتولى تنظيم ومراقبة والإشراف على الغذاء والدواء والأجهزة الطبية والتشخيصية ووضع المواصفات القياسية الإلزامية لها، سواء كانت مستوردة أو مصنعة محلياً، ويقع على عاتقها مراقبتها وفحصها في مختبراتها أو مختبرات الجهات الأخرى. ومن مسؤوليات الهيئة توعية المستهلك بكل ما يتعلق بالغذاء والدواء والأجهزة الطبية وكافة المنتجات والمستحضرات، من أجل تحقيق 8 أهداف رئيسة هي: سلامة ومأمونية وفاعلية الغذاء والدواء للإنسان والحيوان، مأمونية المستحضرات الحيوية والكيميائية التكميلية ومستحضرات التجميل والمبيدات، سلامة المنتجات الإلكترونية من التأثير على الصحة العامة، ودقة معايير الأجهزة الطبية والتشخيصية وسلامتها، وضع السياسات والإجراءات الواضحة للغذاء والدواء والتخطيط لتحقيق هذه السياسات وتفعيلها، إجراء البحوث والدراسات التطبيقية للتعرف على المشكلات الصحية وأسبابها وتحديد آثارها بما في ذلك طرق وتقويم البحوث. فضلاً عن وضع قاعدة علمية يستفاد منها في الأغراض التثقيفية والخدمات الاستشارية والبرامج التنفيذية في مجالي الغذاء والدواء، والمراقبة والإشراف على الإجراءات الخاصة بالتراخيص لمصانع الغذاء والدواء والأجهزة الطبية. إلى جانب تبادل المعلومات ونشرها مع الجهات العلمية والقانونية المحلية والعالمية وإعداد قاعدة معلومات عن الغذاء والدواء.