منذ اليوم الأول لتفجير كنيسة القديسين في الإسكندرية توجهت أصابع الاتهام إلى عناصر خارجية وتحديداً لتنظيم القاعدة على ضوء تهديد سبق وأن أرسله تنظيم القاعدة بعد تفجير كنيسة في العراق. وفي الحقيقة كان أفضل وسيلة لتفادي فتنة طائفية داخلية اتهام عنصر خارجي ..وقد جاءت التحقيقات والبيانات لتؤكد المؤشرات الأولية حيث أكد وزير الداخلية المصري حبيب العادلي على أن حكومة بلاده لديها دليل على أن تنظيم جيش الإسلام الفلسطيني المرتبط بتنظيم القاعدة وراء التفجير الذي تعرضت له كنيسة القديسين وأدى إلى مقتل 23 شخصاً. ورغم أن جيش الإسلام نفى أي علاقة له إلا أن الحديث عن اعترافات سيؤكد المزاعم المصرية. وتنظيم جيش الإسلام الفلسطيني تكون في الأساس من مجموعة من شباب حركة فتح الذين تشبعوا بأفكار دينية متشددة جعلتهم أكثر تشدداً من باقي الحركات الإسلامية في فلسطين ونشأ بينهم وبين حركة حماس في بداية الأمر خلاف مع حركة فتح ولكن العلاقة بين الحركتين انقلبت إلى صدام مسلح. وفيما بعد أصبحت هناك علاقات بين تنظيم القاعدة وتنظيم جيش الإسلام وهي العلاقة التي تم استغلالها لتنفيذ تفجير كنيسة القديسين في مصر حسب بيان وزير الداخلية المصري، على كل من شأن هذا البيان الذي حمل تنظيماً خارجياً مسؤولية التفجير أن يعطى نوعاً من الارتياح في الساحة الداخلية وهو المطلوب حالياً من أجل العمل على تعميق أواصر الوحدة الوطنية لتكون صامدة في وجه أي هزة جديدة.