حذرت منظمة المؤتمر الإسلامي من أن أي ضرر يلحق بالمسجد الأقصى ستكون له عواقب وخيمة، وناشدت المجتمع الدولي للعمل على حمل إسرائيل على حماية واحترام الأماكن المقدسة، في حين دعت (الهيئة الإسلامية المسيحية لنصرة القدس والمقدسات) المسلمين إلى (إعادة النظر في علاقاتها الباهتة بالقدس). واستنكرت المنظمة في بيان أصدرته بمناسبة الذكرى السنوية الأربعين لإحراق المسجد الأقصى استمرار الانتهاكات الإسرائيلية التي تهدد بناء وحرمة المسجد الأقصى من خلال الحفريات تحت أساساته. كما شجبت اقتحام ساحات أولى القبلتين (من قبل غلاة المتطرفين الإسرائيليين الذين لا يخفون نواياهم بارتكاب الاعتداءات من جديد على حرمات مسرى الرسول صلى الله عليه وسلم).