اتهمت مصادر سياسية سودانية، جنوب السودان باستمرار دعم متمردي الجبهة الثورية وحركات دارفور داخل الأراضي السودانية رغم اتفاقية التعاون المشترك بين السودان وجنوب السودان. وذكرت وكالة السودان للأنباء (سونا) أن جهاز الأمن والمخابرات الوطني أكدا أن جوبا دعمت المتمردين ضد الخرطوم عقب اتفاق التعاون بأعداد من سيارات الدفع الرباعي. كما شمل الدعم توفير كميات من الأسلحة والذخائر واستمرار عمليات التدريب بمعسكرات راجا وطمبرة ومناطق نيم وفارينق بولاية الوحدة في مسعى لتكوين قوة أخرى والدفع بها إلى داخل السودان.