ولد مرسي عام 1951 بإحدى قرى محافظة الشرقية، تخرج من هندسة القاهرة عام 1972 التي نال منها أيضا درجة الماجستير. حصل على الدكتوراة من جامعة ساوث كاليفورنيا، عمل أستاذًا مساعدًا في جامعة كاليفورنيا، ويعمل الآن أستاذًا ورئيس قسم في كلية الهندسة بجامعة الزقازيق. انتخب مرسي عام 2000 عضوًا بمجلس الشعب عن جماعة الإخوان المسلمين وشغل حينذاك منصب المتحدث الرسمي باسم الكتلة الإخوانية في البرلمان، وفي آخر انتخابات لمجلس الشعب عام 2005 م جرى أقصاؤه بعدما حصل على أعلى الأصوات وبفارق كبير عن أقرب منافسيه في دائرته بالشرقية. كان مرسي من أنشط أعضاء مجلس الشعب، وقد تم اختياره عالميًا كأحسن رجل برلماني من عام 2000 حتى 2005. انتخبه مجلس شورى الإخوان في 30 أبريل 2011 رئيسًا لحزب الحرية والعدالة بجانب الدكتور عصام العريان نائبًا له ومحمد سعد الكتاتني رئيس مجلس الشعب الحالي أمينًا عامًا للحزب.