أثار هجوم المجلس العسكري المصري على حركة شباب 6 أبريل في رسالته رقم «69» ردود أفعال متباينة في الشارع المصري، حيث اعتبره عدد كبير من الشباب والنشطاء خطاب تخوين دون نشر دليل، كما حذروا من أن تهم التخوين والعمالة التي لاحقت الحركة قد تلاحق قوى أخرى مستقبلًا، معبرين عن استنكارهم للخطاب العسكري، ومطالبين بنشر ما لديه من دلائل ووثائق حول تلك الاتهامات، وترى قيادات 6 أبريل أن المجلس الأعلى للقوات المسلحة يعيد إنتاج نفس سياسات النظام السابق باستخدام شماعة العمالة والتخوين لكل معارضيه، لكن يبقى أن البيان «69» افقد حركة 6 أبريل الكثير من بريقها في الشارع المصري، ووضع علامات استفهام كثيرة أمام الحركات الثورية وعلاقاتها بقوى خارجية؛ مما يفتح المجال للربط بين ما جاء بالبيان وبين عمليات التجسس التي كشفتها الأجهزة الأمنية المصرية في الشارع المصري منذ انطلاق ثورة 25 يناير، وشملت عمليات تخابر من عدة جنسيات إسرائيلية وأمريكية وإيطالية وإيرانية أيضًا، مما أثار مخاوف حقيقية على مستقبل الثورة ومستقبل مصر. ويقول المنسق الإعلامي لحركة 6 أبريل المهندس محمد عادل ل«المدينة»: إن الحركة تتعرض لعدة هجمات شرسة من عدة جهات مختلفة بسبب دورها المتنامي في كل محافظات مصر وباتت تسحب البساط من تحت أقدام الكثيرين، بالإضافة إلى ثبات موقف الحركة في حتمية تنفيذ مطالب الثورة والقصاص من قتلة الشهداء، وضرورة القصاص وربط الحركة تعليق النشاط الاحتجاجي بتحقيق مطالب الثورة. وأضاف أنه بعد البيان «69» من المجلس الأعلى للقوات المسلحة والذي اتهم الحركة بأنها تسعى للوقيعة بين الجيش والشعب، تواترت الاتهامات للحركة بتلقي أموال من الخارج، وهذا الاتهام يعني أن حركة 6 أبريل تنفذ أجندات خارجية، وهذا تشويه للحركة ونضالها الوطني، قررت الحركة الطلب من النائب العام التحقيق معه في اتهامات العمالة وتلقي الأموال. ويصف عادل حملات التشويه هذه بالمنظمة والمدروسة، وتستهدف تشويه صورة الحركة في الشارع المصري، وهو مصدر قوة الحركة الوحيد، ونحن ندرك حساسية المواطن المصري لقضايا التمويل التمويل الخارجي والخيانة للوطن والعمالة لقوى خارجية، ونحن ندرك أن الهجوم الذي نتعرض له بتدبير من فلول مباحث امن الدولة وفلول الرئيس المخلوع والحزب المنحل الذي نهب ثروات البلاد على مدار 30 عامًا عبر عملية سرقة منظمة؛ لأننا نُصِر على سرعة المحاكمة والقصاص، ونرفض التهاون في حقوق الشهداء وتغيير النطام بالكامل وليس رموزه فقط، مؤكدا ما سبق أن أعلنته 6 أبريل عبر موقعها على الفيسبوك وفي البيانات الإعلامية، أن الحركة لم تتلقَ أي تمويل خارجي وان ما يجري تسويقه مجرد شائعات ونطالب أي شخص يملك أدلة تفيد تلقي 6 أبريل أي تمويل خارجي أن يقدم ما يملك من أدلة للنائب العام أو أي أجهزة تستطيع التعامل مع الأمر. وعن الأخبار التي تتحدث عن انشقاقات في الحركة، يرى المسؤول الإعلامي بالحركة أن هذه تدخل ضمن الحملات المشبوهة لإضعاف الحركة، مشيرًا إلى عدة أسماء تحمل اسم 6 أبريل مثل حزب 6 أبريل وحركة شباب 6أبريل الجبهة الديمقراطية وحركة 6أبريل (حركة وليست منظمة) وان بعض هذه الأسماء تديرها فلول الوطني، موضحًا بروز أسماء في الإعلام لا تمت بحركة 6 أبريل بصلة مثل ظهور شخص يدعى طارق الخولي يزعم بأنه المتحدث الرسمي للحركة ونحن نعلن أن هذا الشخص ليس عضوا بالحركة وكل أعضاء كتلته ليسوا أعضاء مثل عمرو عز ومحمود سامي واحمد رفعت وشريف الروبي.