أثار هجوم المجلس العسكرى المصرى على حركة شباب 6 أبريل موجة كبيرة من ردود الأفعال من جانب المنظمات الحقوقية ومنظمات المجتمع المدنى منها ما اتسم بالانفعالية ومنها ما اتسم بالعقلانية وبعض آخر فضل الصمت، فيما وصلت ردود الأفعال إلى تدشين عدد ضخم من الصفحات على الفيس بوك حملت رسالة تضامن مع حركة شباب 6 أبريل، من أشهرها صفحة «كلنا شباب 6 أبريل» التى تخطت حاجز العشرة آلاف عضو فى ساعات قليلة التى تلت صدور البيان، كما قام عدد كبير من الشباب بحملة تضامنية لاستبدال صور صفحاتهم الشخصية والرمزية على الفيس بوك بشعار الحركة، وتضاعف عدد المشتركين بالصفحة بشكل غير مسبوق. فيما وصفت منظمات حقوقية ومجتمع مدنى الخطاب بالتخوين الذى لا يحمل دلائل مادية ودون ذكر أو نشر دليل كافٍ ،مؤكدين أن تهم التخوين والعمالة التي لاحقت «6 أبريل» قد تلاحق قوى أخرى مستقبلا معبرين عن استنكارهم للخطاب، ومطالبين بنشر ما لديه من دلائل ووثائق حول الاتهامات. أكد محمد فائق نائب رئيس المجلس المصرى لحقوق الإنسان أن اتهام المجلس العسكري لحركة 6 أبريل بالعمالة والخيانة ومحاولة الوقيعة بين الشعب والجيش، واقعة غير مقبولة من المجلس العسكري، مطالبا المجلس العسكرى بطرح ما لديه من إثباتات ودلائل وقرائن تثبت ما أكدته الرسالة وفي أسرع وقت ممكن حتى تنتهي البلبلة التى صاحبت الإعلان ، كما يجب أيضاً إعلان المجلس عن حقيقة التمويل مشيرًا إلى أن المنطق، إعلان المجلس عن إدانة فرد بالعمالة، وليس مجموعة. وقال فايق إنه كان من الأولى تقديم دلائل الإدانة للجهات القضائية للتحقيق واتخاذ اللازم، وليس إلقاء الاتهامات دون سند، لافتا أن المجلس العسكري أخذ طريقا صعبا باختياره منذ بداية توليه إعمال الشرعية الدستورية، وهو أمر له مخاطره وصعوباته مؤكدا أن إعمال الشرعية الثورية، كان سيريحه، من بطء الأداء. وأضاف، أن عقد المقارانات بين ثورة 23 يوليو و25 يناير، خلال الأيام الماضية، غير منطقية، لأن إعمال الشرعية الثورية في الأولى، جعل طريق الجيش سهلا، بينما الشرعية الدستورية في ثورة 25 يناير جعلته صعبا، ومن الضروري أن يتحلى المجلس العسكري بسعة الصدر. أما الدكتور أحمد دراج مساعد أمين الجمعية الوطنية للتغيير فتساءل عن سبب توجيه الاتهام إليهم دون غيرهم، وقال إن ما حدث من انفلات هو مصنوع ومقصود من قبل بعض الجهات التى تريد التحريض على هذا الشعب من خلال نشر بعض العناصر التى تقوم بتحريض المعتصمين بالميدان. وأوضح د.فراج أن سياسة التخوين لم نعهدها على المجلس باعتباره حامي الثورة، ويجب عليه أن ينهي هذه الأزمة بإعلان سريع عن أسباب الاتهامات بأدلة قاطعة لا لبس فيها. وأشار إلى أنه لا يستطيع أحد اتهام أي حركة في المجتمع المصري بتلقي أموال من الخارج إلا بناء على سند من القانون وقرائن تثبت ما يؤكده. ومن جانبها طالبت الشبكة العربية لمعلومات حقوق الإنسان المجلس الأعلى للقوات المسلحة المجلس العسكري ب ‹›الاعتذار». وأصدرت مجموعة من شباب جماعة الإخوان المسلمين المعتصمين في جميع ميادين مصر، بيانا على «فيس بوك»، استنكر ما تضمنته رسالة المجلس الأعلى للقوات المسلحة بتخوين فصيل من مناضلي هذا الشعب ومجموعة من الشباب الأحرار، على حد وصفهم، الذي ضحى بحياته في عهد النظام السابق ثمنًا للحرية. وأكد البيان عدم إنكاره بأي شكل من الأشكال، موقف الجيش المصري العظيم وانحيازه للثورة وللثوار ورفضه إطلاق النار على أبناء الشعب، وأنه لا يستطيع أحد أيًّا كان إحداث وقيعة بين الشعب وجيشه الذي هو جزء لا يتجزأ منه، مطالبين بوجود مجلس رئاسي مدني. وأكد رفضه التام لتخوين أي ثائر أو مجموعة من الثوار أو فصيل أيًّا كانت أسباب الاختلاف أو الاتفاق، معلنين تضامنهم مع 6 أبريل في كل المطالب المشروعة. وأوضح بيان شباب الإخوان، أن المجلس العسكري ليس الجيش، وإنما هو مجلس في منصب سياسي في هذه الفترة الانتقالية، وأنه موكل من الشعب ومن حق الشعب الإبقاء عليه أو عزله ومن حق أي فرد في الشعب الاعتراض على سياساته بشكل حضاري وسلمي. وتناول البيان ما أسماه ب «محاولة المجلس العسكري تشويه الثوار المعتصمين والتشكيك فيهم»، منذ الإعلان عن وجود الجاسوس الإسرائيلي في ميدان التحرير، وادعاء زعزعة الاستقرار والإيقاع بين الشعب والجيش، انتهاء بتخوين فصيل «عظيم» من الثوار وهم «شباب 6 أبريل». وحذر البيان من اللعب على هذه النقطة، مؤكدا أن الشعب المصري واعٍ وأقوى من أي كيان أيًّا كان وأن هذه الثورة دونها الرقاب، وستنتصر بكل مطالبها بإذن الله عاجلا أم آجلا. وأشار البيان إلى أنه في حالة عدم تقديم المجلس العسكري أدلة مؤكدة وواضحة للجميع بشأن اتهام 6 أبريل، سيتهمه شباب الإخوان أصحاب البيان بأنه هو من يقوم بالوقيعة بين الشعب والثوار. ورفضت عدد من الحركات والقوى السياسية والأحزاب المصرية اتهامات المجلس الأعلى للقوات المسلحة المصرية لحركة «شباب 6 أبريل»، بمحاولة إحداث وقيعة بين الشعب والجيش. وقالت الحركات من بينها الجمعية الوطنية للتغيير في بيان إنها ترفض اتهامات المجلس لحركة «شباب 6 أبريل» بمحاولة إحداث وقيعة بين الشعب المصري والجيش، وتقويض استقرار البلاد. وانتقدت الحركات نبرة التخوين التي يتحدث بها المجلس، «والتي ترجع إلى عدم تقبله للنقد، والاختلاف السياسي، حول طريقة إدارته السياسية للبلاد». وشددت الحركات على أن الثورة ماضية لتحقيق أهدافها، «وأن رأس الحربة من المجموعات والحركات الشبابية، ستظل يدًا واحدة من أجل انتزاع الحرية والعدالة الاجتماعية لجماهير شعبنا العظيم»، وعلى أن حركة «شباب 6 أبريل»، «هي جزء من نسيج الحركة الوطنية المصرية».