أوصى المؤتمرالثاني بإنشاء أمانة عامة دائمة للمؤتمرات والندوات والملتقيات العلمية وحلقات النقاش التي تتعلق بموضوع الوقف الإسلامي يكون مقرها جامعة أم القرى بمكة المكرمة ، والعمل على متابعة وتنفيذ توصيات المؤتمر، وما بعد ذلك من مؤتمرات وندوات وملتقيات علمية خاصة بالوقف والإعداد والتحضير لعقد المزيد من المؤتمرات والندوات والملتقيات العلمية ، حول الوقف ونشر ثقافة الوقف عبر وسائل الإعلام المختلفة ، وتصميم موقع إعلامي خاص بأمانة مؤتمرالوقف على شبكة الانترنت ، وتشجيع الأبحاث العلمية ذات الصلة بالصيغ التنموية الجديدة للوقف والرؤى الإصلاحية لمشكلات إدارته من خلال تحكيمها ونشرها ووضع دليل شامل بالمؤسسات الوقفية في العالم الإسلامي وحصر تجاربها الوقفية ، كما أوصى المؤتمر بان يكون اسم المؤتمر القادم بإذن الله تعالى «المؤتمر الثالث للأوقاف .». *إنشاء هيئات للأوقاف مستقلة إداريا وماليا عن وزارات الأوقاف تعنى بالأوقاف في كل شؤونها كما أوصى بالعمل على وضع مدونة ضابطة لأحكام الوقف مستمدة من أحكام الشريعة الاسلامية . وشملت توصيات المؤتمر التوسع في إنشاء الصناديق الوقفية تبعا للأغراض التي يبتغيها الواقفون وكذا التوسع في إصدار الصكوك الوقفية تمكينا لذوي الدخل المحدود من إحياء سنة الوقف ونيل ثوابه بوقف ما يدخل تحت طاقتهم المالية * الإفادة من الأوقاف الصغيرة بتجميعها في مشاريع كبيرة على أن يعرف لكل وقف من هذه الأوقاف الصغيرة أسهمه ومصارفه وأوصى المؤتمر أمانته العامة بالتنسيق مع هيئات كبار العلماء والمجامع الفقهية للنظر في مدى شرعية وجواز وقف المنافع والحقوق المباحة شرعا مثل الجانب المالي من الحقوق الذهنية ومنافع الأعيان والنقود كما أوصى المؤتمر الجامعات والباحثين والمهتمين بشؤون الوقف بإجراء المزيد من الدراسات حول وقف المنافع ومن ذلك التنظيمات الفنية والتصنيف العلمي لأنواع المنافع التي يجوز وقفها والمشكلات المتصلة باستيفائها وإدارتها والجهات التي يتم الوقف عليها. * نشر ثقافة الوقف من خلال المناهج والمناشط العلمية وتطوير صيغ تنمية الأوقاف واستثمارها وتطوير الأساليب الإدارية والرقابية والمحاسبية للأوقاف بما تقتضيه متطلبات العصر وتهيئة الأطر النظامية والبشرية الكفيلة بدفع الوقف الإسلامي الى تحقيق رسالته المنشودة * نقل التجارب الناجحة لأوقاف المنظمات والهيئات والمؤسسات غير الاسلامية للإفادة من تجاربها وإجراء المزيد من البحوث حول كيفية تحويل المشروعات الوقفية القائمة في البلدان الاسلامية الى جهات مانحة وتدعيم التوجه نحو إدارة الأوقاف القائمة على أسس اقتصادية من خلال مؤسسات مالية مساندة لمساعدة الجهات الوقفية في إدارة واستثمارات أموالها . * الإفصاح عن أنشطة المؤسسات الوقفية وأعمالها وحساباتها ونشر ميزانياتها عبر وسائل الإعلام المختلفة. * إنشاء مركز متخصص يعني بحصر وتسجيل أوقاف الحرمين الشريفين في الأقطار الاسلامية . * المحافظة على أصول أوقاف المسجد الأقصى وسائر الأوقاف الفلسطينية التي تم اغتصابها وطمس معالمها من قبل سلطات الاحتلال الإسرائيلي * ضبط تصرفات النظار بما يحافظ على أصول الأوقاف وصرف ريعها في وجوهها الشرعية * أوصى الجامعات ومؤسسات التعليم المختلفة ذات المناشط البحثية بالعمل على إنشاء وقفيا للبحوث العلمية ودعا كافة الأفراد والهيئات الى تحقيق ذلك دعما للبحث العلمي وتوفيرا لمتطلباته وتوطينا لمقتنياته وارتقاء بخدماته.