استوفت تصاميم مشروع القطار متطلبات الأمن والسلامة للركاب والمنشآت، من خلال تزويد العربات والمحطات بأنظمة متطورة للمراقبة، تعمل بواسطة الكاميرات وأنظمة الإنذار المبكر، ونظم إطفاء الحريق، إلى جانب توفير أنظمة السلامة في الأنفاق، ونظم الاتصالات التي تتيح التواصل الفوري مع مركز التحكم والجهات الأمنية المختصة. كما يتضمن المشروع إنشاء محطات للصيانة تحوي ورشاً ومستودعات للقيام بأعمال الصيانة الدورية، إضافة إلى مهاجع لمبيت أسطول القطارات، ومكاتب ومرافق خاصة بالموظفين والعمال المسؤولين عن تشغيل وصيانة المشروع. نزع الملكيات لصالح المشروع وبشأن نزع ملكية العقارات لمصلحة المشروع، شرعت الهيئة أخيراً في اتخاذ الإجراءات الخاصة بذلك وفقاً لنظام نزع الملكية للعقارات للمنفعة العامة، وذلك لمصلحة كل من: (مواقع المبيت والصيانة للقطارات البالغ عددها سبعة مواقع، (مباني المواقف العامة ومحطات الحافلات البالغ عددها 25 موقعاً)، (مسارات القطارات)، (مواقع محطات التحويل الرئيسة للتغذية الكهربائية للمشروع). تغذية المشروع بالكهرباء وفي السياق ذاته أبرمت الهيئة العليا، اتفاقية مع الشركة السعودية للكهرباء، لتنفيذ أعمال تغذية مشروع القطارات بالطاقة الكهربائية والتي تقدر ب468 ميغافولت أمبير،عن طريق 12 محطة رئيسة في المدينة منها أربع محطات تحويل رئيسة ستُنشأ خصيصاً للمشروع، إضافة إلى توسعة ثماني محطات قائمة.
