نفى الرئيس المصري محمد مرسي ورئيس اركان الجيش المصري ان يكون العسكريون ارتكبوا مجازر او كانوا مسؤولين عن تجاوزرات خلال الثورة التي انطلقت مطلع العام 2011، وذلك اثر تسرب معلومات عن تقرير يتهم الجيش المصري بهذه التجاوزات. ونقلت وكالة انباء الشرق الاوسط عن وزير الدفاع اللواء عبد الفتاح السيسي قوله "اقسم والله لم نقتل ولم نأمر بالقتل، لم نغدر ولم نأمر بالغدر". وكان الرئيس مرسي رقى مساء الخميس ثلاثة ضباط كبار في احتفال تميز بالدعم للمؤسسة العسكرية حيث "وجه الشكر للقوات المسلحة" معربا عن "التقدير" لها. وشكل الرئيس المصري في منتصف العام 2012 خلال فترة كانت تتميز بتوتر شديد مع المؤسسة العسكرية، لجنة تحقيق حول اعمال العنف التي ارتكبت خلال الثورة التي اطاحت بالرئيس مبارك، وطوال ال14 شهرا التي تسلم فيها الجيش السلطة في البلاد بعد ذلك. وكانت صحيفة الغارديان البريطانية اضافة الى العديد من الصحف المصرية نشرت مقاطع من تقرير هذه اللجنة الذي سلم الى مرسي في كانون الثاني/يناير الماضي ولم ينشر بعد. وتتهم هذه الفقرات الجيش بممارسة التعذيب وبالمسؤولية عن اختفاء العديد من الاشخاص خلال الايام ال18 من الثورة التي دفعت الرئيس المصري السابق حسني مبارك الى التنحي، وخلال الفترة التي تلت ذلك.