صدر الجزء الثاني من "أوراق طه حسين ومراسلاته" عن الهيئة المصرية العامة لدار الكتب والوثائق القومية في 484 صفحة من القطع الكبير، وقام بالإشراف عليه وبدراسته وتقديمه محمد صابر عرب وأحمد زكريا الشلق. يغطي هذا الجزء الفترة من 1941 إلى 1972، وتضم أوراقه نص محاضرة ألقاها طه حسين عام 1943 عندما دعته الطائفة الإسرائيلية في الاسكندرية الى احتفال أقيم في مدرستها، وكانت هذه الطائفة تتألف في معظمها من اليهود المصريين، الذين لم تتضح لهم أي صلة بالمشروع الصهيوني آنذاك. ويعلق المشرفان على الكتاب على ذلك بالقول إن طه حسين"رأى من خلال نزعته الإنسانية أن يستجيب لدعوتهم وأن يلقي محاضرة عن علاقة اليهود بالأدب العربي منذ العصر الجاهلي وخلال العصور الوسطى". ويضيف المشرفان:"في تقديرنا أن طه حسين أطلق العنان لنفسه للحديث عن انطباعات تنطوي على قدر كبير من المجاملة، خصوصاً أنه نبّه في نهاية محاضرته إلى أن حديثه هذا يجب ألا يكون تاريخاً، فالتاريخ علم موثق له أصوله ومنهجه". وبين أوراق هذا الجزء حديث إلى راديو يافا عنوانه"مصر والأدب العربي"أجري في 28/9/1942 جاء فيه:"... لا شك في أن مصر لن تستطيع أن تزاحم بالشعر العراق والشام، وأن مصر لن تستطيع أن تنافس الشام في شعر البحتري والمتنبي الذي أعده أنا من شعراء الشام، ومصر لا تستطيع أن تعد أديباً في الدرجة الأولى في الشرق العربي، فمصر تأتي في المكان الثاني أو الثالث في أواسط الإسلام، وإذا امتازت مصر في الأدب العربي، فيكون حديثاً وحديثاً جداً". وبين 211 رسالة ومحاضرة وخطبة يضمها هذا الجزء رسالة مؤرخة في 3 كانون الأول ديسمبر 1948، وهي عبارة عن قصيدة طويلة للشاعر اللبناني جورج جرداق مهداة إلى أديب الشرق العظيم طه حسين. واحتوى هذا الجزء على رسائل عدة من صاحب مجلة"الآداب"سهيل إدريس، ومنها رسالة مؤرخة في 28 أيار مايو 1954 تضمنت سؤالاً محورياً لاستفتاء كانت تعده المجلة:"اشتركت البلاد العربية منذ تسع سنوات في منظمة"يونسكو"وساهمت في نفقاتها الباهظة، أملاً في أن تحقق للعالم العربي فوائد جمة في ميدان الثقافة، فهل تعتقد أن العالم العربي قد جنى شيئاً من هذه الفوائد؟". وفي 8 تشرين الأول أكتوبر 1944 كتب الشاعر خليل مطران من معتكفه الصحي الذي رفض الإفصاح عن مكانه بالتحديد ليهنئ طه حسين بالحصول على الوسام الذهبي اللبناني:"وسام الأرز من شرف عتيق/ يعزُّ به ومن شرف عتيد/ بطه زيد مفخرة وطه/ قصارى المجد في الرجل المجيد/ عميد العلم تثقيفاً ونشراً/ ومعلي راية الأدب الجديد/ وقل ما شئت في حزم وعزم/ وقل ما شئت في كرم وجود/ له من عبقريته خلود/ ورسم الأرز رمز للخلود". وكان المشرفان نوها في الجزء الأول الذي صدر العام 2005 بجهود الباحثين نبيل فرج وإبراهيم عبدالعزيز في ما نشراه من مختارات من الرسائل المتبادلة بين العميد وعدد من الشخصيات الشهيرة، وبيّنا أوجه الاختلاف بينها وبين"هذا المشروع الأشمل". وأشار المشرفان محمد صابر عرب وأحمد زكريا الشلق إلى أنه بعد صدور الجزء الأول من هذا العمل عن دار الكتب المصرية، أصدر عبدالحميد إبراهيم مجلداً ضخماً بعنوان"وثائق طه حسين السرية"صدر عن دار الشروق العام 2006 تناول في مقدمته دراسة لمشروع طه حسين التنويري ونشر عدداً كبيراً من رسائل كبار الأدباء والمفكرين التي تلقاها العميد، إضافة إلى عدد من القصائد أهديت إليه، وحقق إبراهيم ذلك كله وقدم له بمقدمات إضافية مصنفاً مجموعة كل أديب أو كاتب على حدة، كذلك نشر صوراً كاملة لنصوص الرسائل بعد طباعتها طباعة حديثة، ما ضاعف من حجم الكتاب. ويرى المشرفان أن عملهما يختلف في أنه يضم المراسلات كافة والأوراق والتقارير والخطب والمحاضرات والخطابات الشخصية لطه حسين في ما يمكن أن نسميه"الأوراق الخاصة"مما لم ينشر في الأعمال السابقة كافة.