عبرت المرجعية الشيعية في النجف عن معارضتها "الخيار المسلح" ضد الوجود الاميركي، لكنها عبرت عن عدم ثقتها بالاحتلال، معتبرة ان "أميركا وراء كل المصائب في العراق". وقال الشيخ علي النجفي، الناطق باسم آية الله العظمى بشير النجفي، احد المراجع الشيعية الاربعة في النجف: "لن نسكت عن الاحتلال لكننا سنظل ضمن الحلول السلمية وفي حال استنفادها سيكون هناك امر آخر. لا نعلم ماذا ستختار المرجعية في وقتها الخيار العسكري او اي خيار آخر". واضاف ان "المرجعية سعت وستسعى لاخراج المحتل ... ولم ترض بدخوله. ولها اسلوبها في اخراجه ... وتسعى بكل ما أوتيت من قوة الى انهاء الاحتلال وبسرعة". وانتقد الشيخ النجفي الولاياتالمتحدة بعنف. وقال: "مشكلتنا اليوم هي الاحتلال الذي سمح بترك العراق مفتوحاً وهذه الاسلحة التي دخلت بسببهم الاميركيون بأعداد مهولة". ورأى ان "اميركا وراء كل المصائب التي حدثت في العراق منذ اول يوم"، متهماً الاميركيين بأن "لديهم فكرة لعينة لتدمير العالم الاسلامي ولديهم خطط طويلة عريضة - لا مكنهم الله - وستظل وصمة عار عليهم". واوضح الشيخ النجفي ان المرجعية الشيعية "لا تثق بالمحتل اطلاقاً. لكن حدث اتفاق مع الحكومة التي تعهدت بسحبهم ونأمل ان يخرجوا من داخل المدينة وعلى الاقل يعودوا الى العهد القديم في الا يدخلوا المدينة القديمة او اطراف النجف". وكان آية الله علي السيستاني استقبل آية الله النجفي، بعد اجتماع عقده مع المرجعين الشيعيين الآخرين آية الله سعيد الحكيم واسحق فياض. وقال حامد الخفاف، أحد مساعدي السيستاني، بعد اللقاء: "التقى السيد السيستاني دام ظله بمناسبة عودته من رحلته العلاجية الى الخارج سماحة آيات الله العظام السيد محمد سعيد الحكيم والشيخ محمد اسحق الفياض. وهنأوا سماحته على عودته الى ارض الوطن سالماً، وقد شكرهم على محبتهم وشكر الله تعالى على سلامتهم من الاخطار التي واجههوها وهم في النجف الاشرف وفي اشد ايام محنتها". واكد الشيخ النجفي ان هذه المحادثات "ليست شيئا جديداً"، مؤكداً ان "المرجعية على اتصال مستمر ودائم حتى عندما كان السيد السيستاني في لندن ... كانت الاتصالات مستمرة". وبعدما أكد ان "هم المرجعية في الظرف الراهن كان حل الأزمة في النجف"، اوضح الشيخ النجفي انه "في الواقع لم يكن بالامكان عمل افضل مما كان. والطريقة الوحيدة الآن هي انقاذ المشاهد المقدسة من الدمار ومن المظاهر المسلحة". وكان آية الله السيستاني عاد الى النجف الخميس حيث تقدم بخطة من خمس نقاط لوقف القتال الدائر فيها منذ ثلاثة اسابيع، وافق عليها الزعيم الشيعي الشاب مقتدى الصدر. وقال الشيخ النجفي ان "شروط المرجعية كانت واضحة وهي انهاء المظاهر المسلحة واخلاء الصحن الحيدري وسلامة خروج المقاتلين وتهيئة الاجواء لترميم واعادة بناء المدينة وفرض سيطرة القانون على المدينة".