حذر المرجع الشيعي السيد محمد حسين فضل الله من "النتائج والعواقب الخطيرة لاجتياح النجف"، ودعا الجميع الى "تحمل مسؤولياتهم الكبرى في اخراج المحتل من العراق بكل الوسائل الممكنة". ودانت "حركة المقاومة الإسلامية" حماس الهجوم الأميركي على المدينة مطالبة بانسحابها. وسجل فضل الله، في تصريح له تعليقاً على أحداث النجف، على الحكومة العراقية الموقتة أنها "ولأول مرة في التاريخ تدخل قوات الاحتلال الى النجف الأشرف التي تمثل أهم المقدسات لدى كل مسلم ومسلمة في العالم بعد مكةوالمدينة. وان القوات الأميركية تقصف بلا حساب وتحرك طائراتها هنا وهناك فوق الأماكن المقدسة من دون تحفظ"، مشيراً الى ان "هذا الانتهاك للنجف من خلال الحكومة العراقية الموقتة هو الثاني بعد انتهاك نظام الطاغية صدام حسين للعتبات المقدسة، كما ان انتهاك الاحتلال لحرمة المحافظاتالعراقية كلها واستباحته للمدن الواحدة بعد الأخرى يمثل جريمة انسانية كبرى لا تقل فداحة عن جريمته في النجف". وقال: "كان من واجب هذه الحكومة التي ترفع شعار المحافظة على القانون ان تدير المسألة من خلال جهات عراقية، أما أن تأتي بقوات الاحتلال من أجل أن تسيطر على الأماكن المقدسة في شكل مباشر وغير مباشر وأن تقصف في شكل عشوائي يطاول المدنيين أكثر مما يطاول العسكريين فإنها لن تستطيع أن تحل أي مشكلة بهذا الأسلوب العسكري، بل ان الوسائل السياسية التي حلت بها المشكلة سابقاً من خلال تدخل الفاعليات الدينية والسياسية في إيجاد قاعدة للتفاهم هي التي يمكن أن تحل هذه المشكلة". ورأى ان اجتياح النجف "سيوجد مشكلة واسعة على مستوى العالم الإسلامي الذي بدأ يشعر بانتهاك حرمة المقدسات من جانب القوات الأميركية الغازية بغطاء عراقي لا يملك من أمره شيئاً". ودعا فضل الله "الفاعليات والمرجعيات الإسلامية ولا سيما المرجعيات الشيعية على جميع المستويات أن تتدخل بكل ما لديها من وسائل وضغوط في سبيل السعي لأن تبقى النجف مدينة السلام الإسلامي والروحي والعربي"، معتبراً أن "ليس من حق أية جهة تملك موقعاً متقدماً ومسؤولية كبيرة أن تقف على الحياد أو تسكت عن هذا الانتهاك للحرمات المقدسة لأن النجف إذا انتهك تحت أي حجة أو عنوان فإن معنى ذلك ان ليست هناك أية حرمة لأي مقدس في هذا المجال". من جهته، رأى "اللقاء التشاوري الدائم للمرجعيات الدينية في لبنان" ان "الأماكن المقدسة الإسلامية والمسيحية في بلادنا العربية وخصوصاً في فلسطينوالعراق تشهد خطراً متزايداً واعتداءات آثمة لا يمكن تقبلها"، مستنكراً "أشد الاستنكار ما تعرضت له الكنائس في أنحاء مختلفة من العراق وأزهقت العديد من الأرواح".