تمكنت قوات التحالف من اعتقال عدد كبير من رموز النظام العراقي السابق، ولا تزال تلاحق من تبقى منهم، لكن كوادر حزب البعث ما زالوا ناشطين بعد خمسة شهور على سقوط نظام صدام حسين، ولهم وجود قوي في الادارة العامة واوساط الاعمال في العراق. وحذرت السلطات العراقية الجديدة من خطورة هذا الامر، وذهب بعض المسؤولين الى حد توجيه انتقادات مباشرة الى عملية "اقتلاع حزب البعث" التي نفذتها الادارة الاميركية منذ بدء الاحتلال. وقال عادل عبدالمهدي، المسؤول في "المجلس الاعلى للثورة الاسلامية في العراق" الممثل في مجلس الحكم ان "التحالف نفذ عملية اجتثاث حزب البعث بشكل سطحي، ولم يكن لهذه العملية الأثر النفسي المطلوب" على الشعب. وتعهد الحاكم المدني الاميركي للعراق بول بريمر في ايار مايو باستئصال حزب البعث من المجتمع، واقالة كل البعثيين الذين استغلوا وجودهم في المجال الامني خلال هذه المرحلة الانتقالية، مشيرا الى ان "البعثيين واجهزة النظام السابق يعملون على ارضهم". وقال عبدالمهدي: "هناك حاجة الى قوات اضافية من الشرطة للانتهاء منهم"، مقترحا: "تضييق الخناق على المسؤولين البعثيين عبر تنظيم محاكمة عامة لمجرمي النظام السابق". واعتبر انتفاض قنبر، الناطق باسم رئيس مجلس الحكم الحالي احمد الجلبي، ان "البعثيين استأنفوا نشاطهم بحرية ومن دون قلق، بعدما تراجعوا لفترة بعد سقوط بغداد". وقرر مجلس الحكم هذا الاسبوع تشديد عملية التطهير ضد البعثيين داخل الادارة، عبر منع كل من كانوا في حزب البعث من البقاء في مناصبهم. وكانت الحملة على البعثيين شملت حتى الآن الذين كانوا في موقع المسؤولية فقط. وقال قنبر ان هذا القرار "يتصدى في العمق" لاسس حزب البعث ويشمل عدداً اكبر من فئات المسؤولين السابقين. وركز المجلس حملته على العراقيين غير المنتسبين الى البعث، والمسؤولين عن جرائم او عمليات نهب في ظل النظام السابق، وحظر عليهم تسلم أي مسؤوليات. ولم يبسط مجلس الحكم بعد شهرين على انشائه، سلطته بعد. وما زال عدد من المسؤولين البعثيين يديرون اقساما في الادارة العامة، كهيئة السياحة التي يديرها الضابط السابق محمد عبدالقادر. وفي الخارج، يدير ديبلوماسيون سابقون السفارات، وفي بعض الحالات، عين قائم سابق بالأعمال ممثلا للعراق كما في بلغاريا. ولم تشذ الشرطة والمجالس البلدية في المحافظات عن ذلك. ففي البصرة، حل أحد كوادر البعث وهو محمد علي محل قائد الشرطة خضير عقلو، الضابط السابق في الجيش. وفي بعقوبة، اصبح فؤاد شيخلي المعروف بصلاته سابقا مع عدي صدام حسين، عضوا في المجلس البلدي، بدعم من الاميركيين. وفي النجف التي استهدفت بعملية تفجير دامية نسبت الى انصار صدام حسين، اقيل البعثي السابق مدير الشرطة حسين ياسين الجبوري من مهماته بعد العملية.