سجل يوم 5 تشرين الاول أكتوبر 1990 بداية مسلسل العنف الديني في عقد التسعينات في مصر حين اغتال اعضاء في الجناح العسكري لتنظيم "الجماعة الإسلامية" رئيس مجلس الشعب البرلمان السابق الدكتور رفعت المحجوب. وسيظل يوم 5 تموز يوليو 1997 فاصلاً في تاريخ مصر، ففيه اطلق القادة التاريخيون للتنظيم الذين يقضون عقوبة السجن في قضية اغتيال الرئيس السابق أنور السادات مبادرة سلمية لوقف العنف من جانب واحد أثارت خلافات بين قادة التنظيم المقيمين في الخارج. لكنها أفضت في النهاية إلى قرار أصدره مجلس شورى الجماعة في آذار مارس 1999 قضى بإنهاء حالة العنف ووقف العمليات العسكرية داخل مصر وخارجها. وستظل المبادرة السلمية أهم تحول في مسيرة الجماعة الإسلامية لا يوازيه في الأهمية سوى تحول التنظيم في العام الأخير من عقد السبعينات من مجرد جماعة دعوية تمارس نشاطاً سلمياً شبه علني إلى تنظيم سري كان أول اعماله اغتيال رئيس البلاد في تشرين الأول أكتوبر العام 1981 بعد ما عقدت الجماعة حلفاً مع "تنظيم الجهاد". كانت باكورة اعمال الحلف حادثة المنصة، التي كشفت للأجهزة الأمنية أن الجماعة لم تكن مجرد بعض البؤر في الكليات الجامعية والمناطق العشوائية في الأحياء الفقيرة وإنما شبكة تمتد جذورها وفروعها الى غالبية المدن المصرية وتحظى في الصعيد خصوصاً بحضور قوي وانتشار كثيف. وخرجت المبادرة الى النور بعد ولادة عسيرة واحتاج التزام الجماعة بها قرارات اخرى مصيرية واجراءات لم يكن أكثر المتفائلين يتوقع ان تقدم "الجماعة" عليها. ويوماً بعد يوم يترسخ حال الهدوء في مصر وبعد ما كان لا يمر اسبوع وربما يوم من دون ان تنطلق رصاصات عناصر التنظيم أو تنفجر قنبلة وضعها أحدهم قاصداً اغتيال وزير او ضابط أو شرطي أو تفجير حافلة سياحية أو قطار أو باخرة، وكانت مشاهد دماء الضحايا وأشلاء القتلى تحتل مكاناً شبه ثابت في الصفحات الاولى للصحف اليومية، لكن صار الهدوء غالباً والصمت طاغياً الآن، وانشغل الطرفان الجماعة والحكومة بمعالجة اثار ما جرى والعمل على تفادي الوقوع في اخطاء الماضي. ومنذ اطلق القادة السجناء مبادرتهم السلمية تعرض اصحاب التوجه السلمي في التنظيم لاختبارات صعبة كان أولها مذبحة الأقصر الشهيرة التي وقعت بعد اسابيع من اطلاق المبادرة، ما اعتبر وقتها رداً عملياً على دعاة وقف العنف من قادة الجماعة. وافرزت الحادثة تفاعلات شديدة داخل الجماعة بعد ما تبناها مسؤول مجلس الشورى في التنظيم رفاعي أحمد طه ورفضها واعتذر عنها قادة بارزون آخرون بينهم أسامة رشدي لاجئ في هولندا. ودخل الاثنان في معارك كلامية علنية انتهت ببيان اصدره مجلس شورى الجماعة في شباط فبراير 1998 أعلن أن قادة التنظيم تجاوزوا خلافاتهم، وأن المجلس يدرس التعاطي بإيجابية مع مبادرة القادة التاريخيين السلمية. واحتاج قادة الجماعة الى سنة كاملة حتى صدر قرار إنهاء العنف، عصفت بهم خلاله خلافات عنيفة انتهت الى اجراء تغييرات على تشكيل مجلس شورى التنظيم ليحل القيادي البارز مصطفى حمزة محل طه قائداً للجماعة ومسؤولاً لمجلس الشورى. ولم يكن خافياً أن طه ظل على موقفه معارضاً للتوجه السلمي ولم يتوقف عن إبداء رأيه واصدار بيانات وكتابة مقالات نارية سببت كثيراً من اللغط حين كانت وسائل الاعلام الغربية تحسب موقفه على أنه موقف الجماعة. وظهرت الخلافات على السطح مجدداً حين اضطر حمزة المعروف بعزوفه عن التعاطي مع وسائل الاعلام الى الخروج عن صمته ليوضح عبر "الحياة" أن طه يعبر عن نفسه، وأن الجماعة مستمرة في نهجها السلمي. وترسخ موقف حمزة حين طرح القادة السجناء أسساً شرعية دعمت موقفهم. ووجد اصحاب التوجه السلمي انفسهم أمام تحدٍ صعب مرتين، الاول حين قتل قائد الجناح العسكري للتنظيم فريد سالم كيدواني في معركة مع الشرطة، والثاني حين قتل القيادي البارز علاء عبدالرازق بعد ما حل محل كيدواني. واستغل المتشددون في التنظيم الحادثتين لضرب المبادرة السلمية على اساس انها لم تحقق شيئاً للجماعة، وأن السلطات لم تتوقف عن مطاردة عناصر التنظيم على رغم إنهاء حالة العنف من جانب التنظيم. لكن يبدو أن الرغبة العارمة في الحفاظ على حال الهدوء والبعد عن العمل العسكري نتيجة قناعة شرعية تسود بين غالبية قادة الجماعة وعناصرها، خصوصاً وهم يرون كيف تتعاطى الدول الكبرى مع قضية الاصوليين. فبينما كان تنظيم "الجهاد" حاضراً في المحاكمة الاميركية للمتهمين في قضية تفجير سفارتي اميركا في نيروبي ودار السلام، كان الحديث عن نشاط "الجماعة الاسلامية" في افغانستان وعلاقتها بتنظيم "القاعدة"، الذي يقوده اسامة بن لادن في قاعة المحكمة عابراً وغير مؤثر في وقائع القضية. ونجت الجماعة من محاولات طه ربطها بابن لادن تارة عبر ظهوره معه علناً، وتارة بالهجوم على التوجه السلمي. وهكذا فإن ما أقدم عليه القادة التاريخيون جنّب "الجماعة الإسلامية" مشاكل تتخطى الصراع مع الحكومة المصرية الى حد مواجهة اميركا.