انضم معظم الفصائل الصومالية المسلحة، وعددها يتجاوز 50 فصيلاً، الى الحكومة الجديدة. لكن الفصائل الرئيسية الثلاثة المؤثرة لا تزال تنشط وتعارض السلطات الجديدة في مقديشو. وهنا ابرز الفصائل التي كانت تنشط خلال الحرب: { "المؤتمر الصومالي الموحد - التحالف الوطني الصومالي"، كان يتزعمه الجنرال محمد فارح عيديد توفي خلال معركة في آب /اغسطس 1996، ويقوده حالياً نجله حسين. يتبع قبيلة هوية فرع هبرجدر - سعد - جلف. كان يضم حوالي 13 فصيلاً. مناطق نفوذه في جنوب مقديشو وبعض مناطق وسط الصومال. { "المؤتمر الصومالي الموحد" الجناح المنشق عن عيديد. يتزعمه عثمان حسن علي الملقب ب "عاتو". كان ممول الجنرال عيديد وانشق عنه عام 1995. يتبع قبيلة هوية فرع هبرجدر - سعد - هيلولي. مناطق نفوذه احياء في جنوب مقديشو. { "المؤتمر الصومالي الموحد" جناح آخر انشق عن الجنرال عيديد، يتزعمه محمد قنيري افرح. يتبع قبيلة هوية فرع مرو سدي. مناطق نفوذه احياء في جنوب مقديشو. { "المؤتمر الصومالي الموحد - التحالف لانقاذ الصومال"، يتزعمه علي مهدي محمد. يتبع قبيلة هوية فرع ابغال - مرتي - اغونير. كان يضم حوالي 13 فصيلاً. قاد مفاوضات السلام المعروفة ب"سودري" وشارك فيها 26 فصيلاً. مناطق نفوذه شمال مقديشو. { "المؤتمر الصومالي الموحد - حركة السلام" كان يتزعمه عبدالله عسبلة سياد معتدل قريب الى عيديد وعلي مهدي، لم يشترك في "سودري". يتبع قبيلة هوية فرع حوادلة. مناطق نفوذه مدينة بلدويني. { "المؤتمر الصومالي الموحد - العمل للسلام"، يرأسه عبدالقادر محمد شيخ مؤيد لعلي مهدي. يتبع قبيلة هوية فرع شيخال. مناطق نفوذه مدينة جلب جنوبالصومال. { "المؤتمر الصومالي الموحد - مجلس الانقاذ الصومالي"، يتزعمه عبدالله معلم محمود فاح قريب الى عاتو. يتبع قبيلة هوية فرع غال جعل. مناطق نفوذه شمال مقديشو. { "المؤتمر الصومالي الموحد - شمال مقديشو"، يقوده هلولي إمام عمر. يتبع قبيلة هوية فرع ابغال. مناطق نفوذه شمال مقديشو. { "الجبهة الديموقراطية لانقاذ الصومال"، يتزعمها العقيد عبدالله يوسف احمد. حلت الجبهة وصار زعيمها رئيساً لدولة "بلاد بونت". يتبع قبيلة دارود فرع مجيرتين. مناطق نفوذه شمال شرق الصومال بوصاصو، نوغال، مدقو وغالكعيو. { "الجبهة الصومالية الموحدة"، يتزعمها عبدالرحمن دُعاله علي. يتبع قبيلة در فرع عيسى. مناطق نفوذه جزء من شمال الصومال. { "الاتحاد الوطني الصومالي"، كان يتزعمه عويس موغاني. يتبع قبيلة بنادري قبائل مختلفة من سكان مقديشو. كان موالياً لعيديد. مناطق نفوذه احياء من شمال مقديشو. خصمه الدكتور محمد راجيس محمد، كان يرأس جناحاً آخراً للمنظمة بالاسم نفسه. كان موالياً لعلي مهدي. {"الحركة الديموقراطية الصومالية"، كان يتزعمها محمد نور عليوه، نائبه عبدالقادر زوبي موال لعيديد. يتبع قبيلة رحنوين. خصمه عبدي موسى ميو، يرأس جناحاً آخر للمنظمة بالاسم نفسه موال لعلي مهدي. { "الحركة الوطنية الصومالية"، يتزعمها العقيد احمد عمر جيس موال لعيديد. يتبع قبيلة اوغادين. مناطق نفوذه جنوبالصومال. خصمه آدن عبدالله نور "غبيو"، يرأس جناحاً آخراً للمنظمة بالاسم نفسه. موال لعلي مهدي. { "الحركة الوطنية لجنوبالصومال"، يقودها عبدي ورسمه اسحق. يتبع قبيلة در. مناطق نفوذه باي، وينشط مع الرحنوين. { "اتحاد محبي السلام الصومالي"، يقوده الدكتور مصطفى شيخ. مناطق نفوذه برافا 200 كلم جنوب مقديشو. { "موكي الافريقية - الصومالية" سامو، كان يقودها محمد رمضان آربو، يرأسها حالياً نائبه موليد معان الذي كان موالياً لعيديد وهو متحالف حالياً حالياً مع عاتو. يتبع قبيلة البانتو. خصمه شيخ جامع مختار حاجي حسين، يرأس جناحاً آخر ويتولى رئاسة منظمة بالاسم نفسه. موال لعلي مهدي. { "التحالف الديموقراطي الصومالي"، يقوده محمد فارح عبدالله ومحمد حاشي حشرو. يتبع قبيلة در فرع غدابورسي. { "الاتحاد الوطني الديموقراطي الصومالي"، يقوده علي اسماعيل عبدي. يتبع قبيلة دارود فرع ليلكاسي. { "الحزب الصومالي الموحد"، يتزعمه محمد عبدي حاشي. يتبع قبيلة دارود فرع دولباهنتي. مناطق نفوذه شمال شرق الصومال. { "الجبهة الوطنية الصومالية"، يتزعمها الجنرال عمر حاج. يتبع قبيلة دارود فرع مريحان. مناطق نفوذه غدو واجزاء من غلغدود وكسمايو في جنوبالصومال. { "الحركة الوطنية الصومالية"، كان يتزعمها عبدالرحمن احمد علي الملقب ب "تور"، اعلن "جمهورية ارض الصومال" في شمال البلاد التي يرأسها حالياً محمد ابراهيم عقال. يتبع قبيلة اسحاق. مناطق نفوذه شمال الصومال. { "جيش الرحنوين للمقاومة"، يتزعمه قرنيل محمد نور شارغدود. يتبع قبيلة رحنوين فرع هرين. مناطق نفوذه اقاليم باي وبكول جنوب. { "ميليشيات حي مدينة"، يقودها موسى سودي يلحو. يتبع قبيلة هوية فرع ابغال-داؤود. مناطق نفوذه حي مدينة جنوب مقديشو.