خلافاً للالحاح الاسرائيلي الضمني والصريح، امتنع البابا يوحنا بولس الثاني عن طلب "المغفرة" باسم الكنيسة الكاثوليكية عما ارتكبته النازية في المانيا ضد اليهود، لكنه اعرب بصفته الشخصية عن "اجلاله لملايين اليهود الذين جردوا من كل شيء، خصوصاً من كرامتهم الانسانية". وميّز البابا في الكلمة التي ألقاها في متحف ضحايا المحرقة ياد فاشيم في حديثه عن "الهولوكوست" بين صفته الشخصية وتلك الاعتبارية. وقال: "بصفتي بابا روما أؤكد للشعب اليهودي أن الكنيسة الكاثوليكية مدفوعة بتعاليم الكتاب المقدس التي تقضي باعتماد الحقيقة والحب ومن دون اعتبارات سياسية يلفها حزن عميق ازاء الكراهية والافعال التي ارتكبتها اللاسامية الموجهة ضد اليهود على يد المسيحيين في أي وقت وأي مكان"، مؤكداً معارضة الكنيسة للعنصرية بأشكالها كافة. وقال في كلمته في نصب "ياد فاشيم": "في مكان الذكرى هذا يشعر الفكر والقلب والروح بحاجة ماسة الى الصمت. صمت من اجل التذكر. صمت يسمح باعطاء معنى للذكريات المتدفقة. صمت لانه لا توجد كلمات معبرة لادانة مأساة المحرقة المريعة". وكما فعل في مخيم الدهيشة الفلسطيني عندما أغفل حق اللاجئين الفلسطينيين في العودة، تمسك البابا بمواقفه السابقة محجماً عن طلب "الصفح" بوضوح عن موقف البابا بيوس الثاني عشر خلال الحرب العالمية الثانية وكذلك "الاعتراف" بمسؤولية الكنيسة عما حدث كما ورد على ألسنة العديد من رجال الدين والسياسيين الاسرائيليين. وتجاهل البابا دعوة الحاخام اليهودي الاكبر اسرائيل لاو الذي قال أنه "من الصعب على البابا أن يشجب ويعترف بأخطاء سلفه، لكن عليه أن يفعل ذلك للاجيال المقبلة لكي تعرف أن من يسكت عن سفك الدماء هو شريك في ارتكاب الجريمة". ورغم ذلك، استقبلت اسرائيل بارتياح وغبطة كبيرين زيارة البابا للنصب التذكاري والعبارات الدافئة التي وردت في كلمته التي تضمنت، كما طلب الاسرائيليون، ليس مرة واحدة فقط بل ثلاث مرات مصطلح "هولوكوست"، واستخدم فيها المصطلح باللغة العبرية "شؤآه" والتي اعتبرتها غالبية الاسرائيليين تعبيرا واضحا عن مدى أسف البابا والكنيسة الكاثوليكية. وأشاد الحاخامان الكبيران لاو والياهو فكشيدورون "بشجاعة البابا وزيارته للقدس ودعوته للحوار بين الاديان"، بينما وصف الرئيس الاسرائيلي عيزرا وايزمان زيارة "ياد فاشيم" بأنها "ذروة الشفاء التاريخية بين المسيحيين واليهود". وفي مسألة القدس "قضية القضايا"، اعتبرت اسرائيل لقاء البابا مع وايزمان في "مقر رؤساء اسرائيل" في المدينة المقدسة بمثابة اعترافاً واضحاً بالسيادة الاسرائيلية عليها. وكانت أوساط في الفاتيكان اكدت في وقت سابق ان أي لقاء ذات طابع سياسي لن يجري بين البابا والمسؤولين الاسرائيليين في المدينة التي يقر الفاتيكان بأنها جزء من الاراضي الفلسطينية التي احتلتها اسرائيل عام 1967. وأعرب رئيس الوزراء الاسرائيلي ايهود باراك عن عمق تقدير اليهود لطلب البابا الصفح عما ارتكبه المسيحيون باسم الكنيسة من أعمال وأخطاء بحق الشعوب الاخرى، خصوصا الشعب اليهودي في كلمته التاريخية في 12 من الشهر الجاري، وكذلك تقدير اليهود لما قاله البابا عن "علاقتهم" بالقدس من أن "اليهود يحبون القدس عشقاً... منذ اليوم الذي اختارها فيه دافيد عاصمة ومنذ ان بنى فيها سليمان الهيكل... ولهذا فهم يتوجهون اليها في صلواتهم كل يوم رمزاً لشعبهم". وشدد باراك على ان "القدس الموحدة ستبقى عاصمة لاسرائيل ومفتوحة امام جميع الديانات وحرية العبادة كما لم تكن من قبل ابداً".