وضع زعيم جماعة "الجهاد" الدكتور ايمن الظواهري حداً للجدل في شأن المكان الذي يعيش فيه، اذ اكدت مصادر مصرية انه ظهر علناً في إحدى المناطق التي تسيطر عليها حركة طالبان في افغانستان. وأشارت إلى أن شريط فيديو صور أخيراً في افغانستان ظهر فيه الظواهري الى جوار اسامة بن لادن ومعهما عدد قليل من "الافغان العرب" بينهم بعض مساعدي زعيم "الجهاد". وكان الظواهري حرص منذ خروجه من مدينة بيشاورالباكستانية حيث أقام نحو خمس سنوات، ثم غادرها بعد اجراءات باكستانية ضد المقيمين بطريقة غير شرعية على أراضيها، على عدم كشف الأماكن التي يتنقل فيها خشية تسليمه الى مصر. وذكرت المصادر المصرية ان الظواهري تنقل ما بين اليمن والسودان عقب خروجه من باكستان، ثم استقر في السودان فترة. ثم انتقل الى افغانستان بمساعدة بن لادن الذي يحتضنه حالياً. واضافت المصادر أن الظواهري واتباعه لجأوا إلى "حيلة" مرتين للتغطية على الأماكن التي انتقل إليها. الأولى في 1993 حينما أصدرت جماعة "الجهاد" بياناً ذكر أن الظواهري حصل على حق اللجوء السياسي في سويسرا، لكن بيرن نفت ذلك. اما المرة الثانية فكانت في 1996، حينما سرّبت "الجماعة" معلومات عن وجود الظواهري في بلغاريا. وعلى رغم ان السلطات المصرية تتهم الظواهري بالوقوف وراء العديد من العمليات التي نفذها اتباعه في مصر في السنوات الماضية، إلا أن اللافت ان اسمه لم يرد في أي قضية اتهم فيها اعضاء في تنظيمه. وتبرر السلطات ذلك بأن الظواهري يتفادى إصدار تكليفات مباشرة الى منفذي العمليات.