شهد السودان خلال التسعينات تزايداً ملحوظاً في حوادث سقوط الطائرات واسقاطها في الجنوب وحوادث الخطف حتى بات الطيران السوداني العسكري والمدني يعاني من شحّ الامكانات وضعف القدرات الفنية في الطائرات والمطارات وآثار العقوبات الاميركية في أسوأ أوضاعه. وجاء حادث سقوط طائرة "انتونوف" العسكرية الذي اودى بحياة نائب الرئيس السوداني الفريق الزبير محمد صالح و25 آخرين من المسؤولين في مدينة الناصر الحادث الاخير بين سلسلة من الحوادث المشابهة التي راح ضحيتها مئات من السودانيين من العسكريين والمدنيين، ومنها حادث سقوط طائرة عسكرية في منطقة مدينة الناصر في العام 1988 الذي راح ضحيته العميد مختار محمدين الذي اشتهر بأنه كان من الضبّاط الاسلاميين وانه ربما كان المرشح الاول لتولي منصب الرئيس في حكومة انقلاب حزيران يونيو 1989. ومن حوادث الطيران السوداني في جنوب البلاد عملية اسقاط طائرة الخطوط الجوية السودانية من نوع فوكرز التي أسقطها الجيش الشعبي لتحرير السودان في العام 1990 فوق مدينة ملكال وسقوط الطائرة الخاصة التي كانت تقلّ وفداً اجرى مفاوضات سلام في منطقة اعالي النيل وراح ضحيته عدد من العسكريين والسياسيين والوزراء منهم نائب رئيس الاستخبارات العميد كمال علي مختار، ووالي اعالي النيل بول ريت ووزير الدولة للسلام فضل السيد ابو قصيصه والمسؤول في مجلس السلام موسى علي سليمان وآخرون في العام 1994. وشهدت مدينة جوبا كبرى مدن الجنوب السوداني عدداً من حوادث الطيران في العامين 1995 و1996 اذ سقطت طائرة مروحية واخرى من طراز "ميغ" وراح ضحية الحادثتين عدد من العسكريين وافراد من قوات الدفاع الشعبي. وشهد العام 1997 عدداً من الحوادث منها سقوط طائرة من نوع "سي - 130" غرب مدينة الخرطوم، وقتل في الحادث اكثر من 80 من المدنيين والعسكريين. ولم تتوقف حوادث الطيران فقط عند سقوط الطائرات وانما امتدت لتشمل للمرة الاولى خلال التسعينات خمس حوادث خطف انتهت كلها من دون وقوع ضحايا. وبين الحوادث التي وقعت عملية خطف طائرة سودانية الى مدينة الاقصر في العام 1996 واعتقال خاطفها الذي عاد اخيراً الى السودان واعتقل في قضية خطة تفجيرات. وشهدت الفترة ذاتها خطف طائرة اثيوبية الى مدينة الابيض وتولت السلطات السودانية تسليم الخاطفين الاثيوبيين الاربعة الى اديس ابابا. وخُطفت طائرة اخرى لكن السلطات تمكنت من انزالها في مدينة كسلا في حين نجح خاطف سوداني آخر في الوصول بطائرته الى العاصمة الاريترية حيث استسلم وسمحت اسمرا بعودة الطائرة وركّابها الى السودان. أما أشهر حوادث خطف الطائرات في السودان فنُفّذت في آب اغسطس 1996 وتمكن خلالها سبعة من العراقيين من الوصول بالطائرة، التي كانت متجهة الى عمان، الى لندن. وحوكم الخاطفون السبعة بالسجن في بريطانيا لفترات مختلفة.