رغم مرور 15 عاماً على العملية، كشفت مقالة تعود إلى أحد أفراد تنظيم القاعدة أن زعيم التنظيم أسامة بن لادن استوحى فكرة خطف الطائرات الأميركية وتفجير مبان في الولاياتالمتحدة من، سقوط الطائرة المصرية فوق المحيط الأطلسي عام 1999. صحيفة أنصار الشريعة التابعة للقاعدة قالت إن بن لادن بعدما سمع عن تفجير الطائرة المصرية "لماذا لم يحطمها على بناية ما؟" وبعد ذلك بات بن لادن يفكر في تنظيم هجوم إرهابي على أميركا باستخدام الطائرة، بحسب ما ذكرت صحيفة الإندبندت البريطانية. ونشرت صحيفة الشريعة مقالاً لناصر الوحيشي -السكرتير الخاص لأسامه بن لادن في تلك الفترة والذي لقب بعدها بأمير تنظيم القاعدة في بلاد العرب حتى اغتالته طائرة أميركية بدون طيار في اليمن عام 2015- بعنوان "أحداث 11 سبتمبر القصة غير المروية"، قال فيه إن التخطيط للهجوم 11 سبتمبر/ أيلول 2001 جاء بعد تفجير طائرة مصر للطيران رحلة رقم 990 والتي تحطمت في المحيط الأطلسي أثناء رحلتها من لوس أنجلوس إلى القاهرة، مما أسفر عن مقتل 217 شخصاً كانوا على متنها - نصفهم تقريباً من الأميركيين. وأضافت الصحيفة أن خالد شيخ محمد الذي عرف باسم "المهندس الرئيسي" لهجمات 11 سبتمبر، طرأت على ذهنه فكرة استخدام طائرات من داخل الولاياتالمتحدة، لتنفيذ هجمات ضد مصالح أميركية حيوية، ومن هنا جاء التخطيط للهجمات. واستكمالاً لهذه الخطة استدعى خالد شيخ محمد أعضاء التنظيم الذين يحملون جوازات سفر، ثم تمّ إرسالهم إلى الولاياتالمتحدة للتدريب على قيادة الطائرات"، وقد استطاع أعضاء التنظيم خطف الطائرات التي نفذوا بها التفجير الانتحاري والذي خلّف نحو 3000 شخص، كما تسبب في تدمير مبنى التجارة العالمي في نيويورك، ومبنى وزارة الدفاع الأميركية البنتاغون. وكانت طائرة مصرية تابعة لشركة مصر للطيران تفجّرت فوق المحيط الأطلسي عام 1999 نتيجة عطلٍ فني بحسب ما ذكر محققون مصريون، لكن الهيئة القومية الأميركية لسلامة النقل قالت إن مساعد الطيار جميل البطوطي أسقطت الطائرة عمداً ، لأنه ردّد عبارة "توكّلت على الله" عند إقلاعها.
