رفض الإمام الأكبر الدكتور أحمد الطيب، شيخ الأزهر الشريف، دعوة بابا الفاتيكان، بينديكت السادس عشر، التي طالب فيها بحماية الأقباط في مصر، واصفاً هذه الدعوة بأنها تدخل "غير مقبول" في شئون مصر. ونقلت موقع "اليوم السابع" المصري قول الطيب: "إنني أختلف مع البابا في هذا الرأي"، وتساءل: "لماذا لم يطالب البابا بحماية المسلمين عندما تعرضوا لأعمال قتل في العراق؟"، منتقداً التعامل بنظرة غير متساوية للمسلمين والمسيحيين جراء ما يحدث في العالم من أعمال قتل لهم. وكانت دعوة الفاتيكان قد جاءت عقب الهجوم الذي استهدف كنيسة القديسين بالإسكندرية، مما أدى إلى مقتل 21 شخصاً، وإصابة العشرات. كما أعلن الإمام الأكبر الدكتور أحمد الطيب، شيخ الأزهر، إنشاء لجنة تحت مسمى بيت العائلة المصرية تضم قيادات الأزهر والكنيسة، تعمل من الأسبوع القادم، موضحا أن تلك اللجنة ستضم الفضلاء والعقلاء من الأزهر والكنيسة وستجتمع أسبوعياً وستوجه حديثها للمصريين من أجل توضيح سماحة الإسلام تجاه أصحاب الديانات الأخرى، وكذلك توضيح سماحة المسيحية، وستناقش في تلك اللجنة الأمور التي تعمل على التوتر وستدرس الحلول التي تزيل التوترات وترفعها إلى ولى الأمر، مشيرا إلى أن تلك اللجنة ستزيل التوترات التي يتلقفها المصريون. وأكد الإمام الأكبر في المؤتمر الصحفي الذي عقده اليوم بمشيخة الأزهر أن حادث كنيسة الإسكندرية هو حادث كئيب وثقيل الظل، فهو حادث سالت فيه دماء بريئة وتناثرت أشلاء كانت تؤدى صلواتها في بيوت العبادة. مضيفا أن ما حدث أمر لا يمكن أن ينسب إلى مسلم، فضلاً عن أن ينسب إلى مصري، لأننا نعلم أن المصريين رقاق القلوب وأهل مودة وكرم ويتميزون بالشهامة والمروءة، مؤكداً أن ذلك الحادث خطط لها خارج مصر ثم أرسل لتنفذه على أرض مصر موضحا أن مصر مستهدفة وأن أعداء الإسلام والمصريين يريدون أن يجعلوا من مصر بلد حرب طائفية واقتتال ديني كما يحدث في بعض البلاد العربية. وأضاف شيخ الأزهر أن كل علماء المسلمين يعلمون أن ذلك الحادث لا يقره دين أو نظام اجتماعي، مطالبا المصريين بالتصدى لتلك المحاولات التي من شأنها هدم مصر، وأن الذين قتلوا الناس باسم الإسلام فذلك هدم للإسلام قبل أن يكون هدما للأقباط، داعيا المصريين بالعمل ليل نهار للحفاظ على الوحدة الوطنية وأمن واستقرار الوطن ولا يمكن ذلك إلا إذا كنا يداً واحدة.