على الرغم من أن كلاًّ من آيفون 5S وآيفون SE يأتيان بالمعالج A9 وهذا يعني أن كلا الهاتفين يدعمان سيري دائماً فهو موجود في الخلفية دائماً ويستمع لأوامرك في الهاتف الجديد. ومن أهم مميزات آيفون SE أنك لا تحتاج لفتح الهاتف لاستخدام سيري وكل ما عليك القيام به هو فقط قول "Hey Siri" "يا سيري" في النسخة العربية، ثم قم بإدلاء الأمر الذي تريده. ويحتوي الهاتف على معالج بيانات الحركة M9 motion الذي يجعل هاتف آيفون SE قادر على متابعة النشاط البدني الخاص بك، حيث إن معالج الجهاز يمكنه استخدام خاصية التسارع والجيروسكوب والبوصلة الأمر الذي يمكنك من عد الخطوات وحساب المسافة التي قمت بسيرها وحساب الارتفاع، والمثير في هذا الأمر أن كل هذا يحدث دون استنزاف لبطارية الهاتف على عكس الهواتف الذكية الأخرى التي تعتمد على استخدام بطاريات مكثفة لاستخدام خاصية تحديد المواقع GPS. كما أن هاتف آيفون SE مزود بكاميرا 12 ميجابكسل iSight، الأمر الذي يعني أنك ستحصل على صور مذهلة وبدقة عالية وتمكنك أيضاً من الاستمتاع بالتقاط الصور الحية (Live Photos) بالإضافة كاميرا iSight تمكنك من تسجيل مقاطع فيديو بدقة 4k، وتمكنك أيضاً من تعديل وتحرير مقطعي فيديو 4k في نفس الوقت ولا تحتاج لتوصيل هاتفك إلى أي جهاز حاسوب للحصول على تسجيلات فيديو عالية الجودة. ويمكن من خلال هاتف آيفون SE إمكانية الدفع فهو يدعم خاصية الاتصالات قريبة المدى NFC التي تمكنك من الدفع باستخدام خدمة Apple Pay، كما يمكنك إجراء المكالمات واستقبالها من خلال شبكة واي-فاي إذا كان هاتفك خارج نطاق التغطية.
