خلت البرامج الرقابية لهيئة الرقابة والتحقيق التي قامت بها خلال العام المالي 321433 من التطرق إلى جهات حكومية لم تشملها الجولات الرقابية ولم تذكر الهيئة أسباب عدم شمولها بالرقابة، وأبرز تلك الجهات مجلس الشورى الذي يعد رقيباً على الأداء من خلال التقارير السنوية التي ترفع له من الجهات الحكومية بما فيها الهيئة، وحسب نص المادة السادسة والعشرين من نظام مجلس الشورى فإنه تسري أنظمة الخدمة المدنية على موظفي أجهزة المجلس مالم تقضِ اللائحة الداخلية. وبالعودة إلى تقرير لجنة الإدارة والموارد البشرية بمجلس الشورى فقد أجمل 16 وزارة شملتها رقابة "الهيئة" فيما لم يذكر معلومات حول رقابة منسوبي الشورى الذين قد يصل عددهم 800 موظف، ونفذت الهيئة 32 برنامجاً رقابياً "إدارياً" تشمل الرقابة على أوضاع المتعاقدين غير السعوديين العاملين بالأجهزة الحكومية ومدى التزام منسوبي الجهات الحكومية بأوقات الدوام الرسمي وكذلك تقيد الجهات الحكومية بإبلاغ الهيئة وديوان المراقبة ووزارة الخدمة بصور القرارات التنفيذية لمقتضى الأحكام التأديبية الصادر من ديوان المظالم بحق موظفيها، والبرنامج الرقابي على جهات الإشراف والمرافق الصحية ومدى تقيد الجهات المختصة والمسؤولين في الأجهزة الحكومية وبخاصة الخدمية بدورها الإشرافي والحرص على إنجاز قضايا ومعاملات المراجعين دون تأخير. وقامت هيئة الرقابة ببرامج رقابية مالية بلغت ثلاثة عشر برنامجاً تشمل تقدير الوعاء الزكوي الجزافي بمصلحة الزكاة والدخل وأيضاً مراقبة إدارة الاستثمارات البلدية في الأمانات والبلديات والبرنامج الرقابي الخاص بالمنافسات والمشتريات الحكومية واستخدام السيارات الحكومية ومراقبة أعمال إسناد النقل المدرسي للطالبات على متعهدين ومدى وجود إشراف ومتابعة لأعمال المتعهدين من الجهة. يذكر أن هيئة الرقابة هي الجهة المسؤولة عن مراقبة دوام منسوبي الأجهزة الحكومية والإخباريات والشكاوى والتفتيش على الدور المستأجرة والمشروعات الاستثنائية وأسباب تعثر المشروعات بالجهات الحكومية.