شهدت الهيئة السعودية للمهندسين جدلا واسعا بين أعضاء مجلس الإدارة للدورة الثانية وبين المهندسين الحاضرين لاجتماع الجمعية العمومية، التي عقدت أخيرا في الظهران، بعد أن وصف عضو مجلس إدارة سابق أعضاء الجمعية الحاضرين بعدم الفهم والدراية بقوله: "ما تعرفون رأسكم من رجليكم"، منتقدا تصرفاتهم في الجوانب المادية؛ ما جعل المهندسين يخيرونه بين الاعتذار أو الانسحاب من الجمعية، وهو ما أجبره على الخروج ثانية وتقديم الاعتذار لهم. وناقشت هيئة المهندسين الحساب الختامي لعام 2008 م المثير للجدل، حيث رفض أعضاء الجمعية العمومية في اجتماع الظهران ما تقدم به المجلس السابق من قوائم مالية للحساب الختامي للعام الماضي؛ ما دعاهم للمطالبة بتشكيل لجنة مكونة من 11 عضوا من الجمعية العمومية لمراجعة الحساب الختامي، وعرضه فيما بعد على الجمعية التي سيتم انعقادها بشكل استثنائي، بعدما رفض أعضاء الجمعية المحاسب القانوني الذي اختاره أعضاء مجلس الإدارة مطالبين باستبداله بآخر.