طبقا لنظام هيئة التحقيق والادعاء العام فإنها تختص بالتحقيق في الجرائم، والتصرف في التحقيق برفع الدعوى أو حفظها طبقا لما تحدده اللوائح، والادعاء أمام الجهات القضائية، وطلب تمييز الأحكام، والإشراف على تنفيذ الأحكام الجزائية، والرقابة والتفتيش على السجون ودور التوقيف، وأي أماكن تنفذ فيها أحكام جزائية، والقيام بالاستماع إلى شكاوى المسجونين والموقوفين، والتحقق من مشروعية سجنهم أو توقيفهم، ومشروعية بقائهم في السجن أو دور التوقيف بعد انتهاء المدة، واتخاذ الإجراءات اللازمة لإطلاق سراح من سجن أو أوقف منهم بدون سبب مشروع، وتطبيق ما تقضي به الأنظمة في حق المتسببين في ذلك، وإحاطة سمو وزير الداخلية بما يبدو من ملاحظات في هذا الشأن، ورفع تقرير لسموه كل ستة أشهر عن حالة السجناء والموقوفين، فضلا عن أي اختصاصات أخرى تسند إليها بموجب الأنظمة أو اللوائح الصادرة ومنها مباشرة اختصاص هيئة الرقابة والتحقيق المتعلق بالتحقيق والادعاء العام في الجرائم الجنائية التي تباشرها هيئة الرقابة والتحقيق كالرشوة والتزوير والجرائم المنصوص في النظام.