وضعت الهيئة العامة للسياحة والآثار، مواقع الآثار والتراث الوطني بمنطقة مكةالمكرمة في مقدمة أولوياتها، وخصوصاً مواقع التاريخ الإسلامي، التي تعد جزءاً مهماً من الموروث الثقافي الإسلامي الذي يكرس الانتماء للدين الإسلامي، كما أنها تسهم في إبراز البعد الديني للمملكة العربية السعودية، إلى جانب الأبعاد السياسية والاقتصادية والحضارية. وشكلت الهيئة عقب تكليفها بحصر جميع مواقع التاريخ الإسلامي في مكةالمكرمة والمدينة المنورة، لجنة عملت بالتنسيق مع عدد من الجهات الحكومية ومجموعة من المتخصصين والمؤرخين والمهتمين بآثار المنطقتين، ونتج عن المسح الميداني لمواقع التاريخ الإسلامي حصر (384) موقعا في المنطقتين، منها (118) موقعاً في مكةالمكرمة. وإضافة إلى ذلك قامت الهيئة بعمل لوحات إرشادية تعريفية لعدد من مواقع التاريخ الإسلامي، وإعداد مجموعة من البروشورات الخاصة بها، وإعداد خرائط تخدم السائح الذي يبحث عن مواقع التاريخ الإسلامي داخل مكةالمكرمة، وتنفذ حاليا برنامجاً لمتابعة مواقع التاريخ الإسلامي من خلال تسجيل جميع المواقع التي تم حصرها ضمن سجل الآثار الوطني، ومتابعة المواقع في مكةالمكرمة وبقية مناطق المملكة، وذلك من خلال مكاتب الآثار التابعة لها بهدف حماية هذه المواقع والتنسيق مع الجهات المختصة للحفاظ عليها ومعاقبة من يقوم بالتعدي عليها، ورفع تقارير دورية عن المواقع الأثرية. وضمن جهودها للاهتمام بمواقع الآثار والتراث في مكةالمكرمة والمدينة المنورة، أنشأت الهيئة برنامج العناية بمواقع التاريخ الإسلامي، والذي يعمل على وضع الخطط لحماية مواقع التاريخ الإسلامي، وتتضمن خطة عمل البرنامج خلال السنوات الثلاث المقبلة، العمل من خلال أربعة مسارات هي: مسار التسجيل والحماية، ومسار الدراسات والتوثيق، ومسار التطوير والتأهيل، ومسار التوعية والتعريف وتصحيح المفاهيم، وتندرج تحت كل مسار من هذه المسارات مشاريع وبرامج محددة. الانضمام للقائمة العالمية وتعكف الهيئة حالياً على استكمال ملف ترشيح جدة التاريخية لقائمة التراث العمراني، كما تعمل بالشراكة مع إمارة منطقة مكةالمكرمة وأمانة محافظة جدة على إعادة تأهيل وتطوير جدة التاريخية وإيقاف التدهور فيها، والتغلب على كل الصعوبات التي تواجه تطويرها. تطوير تاريخية الطائف وتحظى محافظة الطائف بعناية كبيرة من الهيئة، وتعمل بالتعاون مع أمانة الطائف على المحافظة على المواقع الأثرية والتراثية فيها، حيث يجري حالياً العمل في تنفيذ مشروع تطوير المنطقة التاريخية بوسط مدينة الطائف، وكان لها دور مهم بالتعاون مع أمانة الطائف في الحفاظ على مواقع التراث العمراني، حيث أخضعت قصر شبرا التاريخي، وقصر الملك عبدالعزيز بالمويه ضمن برنامج الترميم وإعادة التأهيل التي تنفذها الهيئة وتشمل عددا من القصور التاريخية في المملكة. ترميم قصر السقاف بمكة وتعمل الهيئة حاليا على ترميم قصر السقاف التاريخي بمكة الذي كان مقرا للدولة ومركزا للحكم في عهد الملك عبدالعزيز -طيب الله ثراه- وفي عهد الملك سعود -رحمه الله- ويمثل نموذجاً فريداً للعمارة التقليدية في مكةالمكرمة، وعانى في المدة الأخيرة من عدة حوادث انهيارات نظراً لتدني مستوى الصيانة وعدم الاهتمام.