كشفت مصادر صحفية مصرية عن خلافات بين الرئيس مرسي والمهندس محمد خيرت الشاطر إثر تصريحات أطلقها الأخير بأنه على الشعب المصري ألا يتوقع أن تؤدي خطة المائة يوم إلى حل جميع المشكلات، وكذلك تصريحه بأن مشروع النهضة عبارة عن مجموعة من الأفكار ستتم المناقشة بشأنها مع القوى السياسية المصرية. وهو ما اعتبره البعض محاولة من الرجل الحديدي لإحراج مرسي بسبب عدم استجابتة لتوجهات الشاطر . ووفقا لمصدر إخواني قال إن الدور الذي يلعبه الدكتور سيف عبدالفتاح في صناعة القرارات الصادرة عن الدكتور محمد مرسي يعتبر نقطة خلاف جوهرية مع الشاطر، مشيرا إلى أن الشاطر أكد أكثر من مرة أن قرب عبدالفتاح من مرسي يؤثر سلبا على علاقته بالجماعة. ولفت المصدر إلى أن الشاطر ذكر أكثر من مرة أن عبدالفتاح كان من الداعمين وبقوة للدكتور عبدالمنعم أبوالفتوح في انتخابات الرئاسة، وهو ما لا يليق معه أن يكون له هذا الدور المؤثر في صناعة قرارات رئاسة الجمهورية، واختيارات مرسي لمعاونيه. إلى ذلك، قال مقربون من الفريق أحمد شفيق المرشح الرئاسي الخاسر للانتخابات أنه قرر العودة إلى القاهرة من أجل مواجهة الاتهامات الجنائية ضده بنفسه. ولفت هؤلاء المقربون إلى ثقة الفريق في براءته من كافة هذه الاتهامات، وقدرته على الوقوف أمام القضاء من أجل دحضها. إلى جانب مواصلة العمل السياسي من فوق أرض بلده بعد الاتهامات التي طالت سمعته.