نشب خلاف بين مجلس بلدي العاصمة المقدسة من جهة، وبين أمانة العاصمة المقدسة من جهة أخرى حول قانونية قسم سجلات الصكوك في أمانة العاصمة المقدسة، الذي مضي عليه أكثر من 15 سنة، إذ يرى المجلس أن قسم سجلات الصكوك بأمانة العاصمة المقدسة هو قسم غير قانوني، بحجة أن جميع أمانات المملكة لا يوجد بها مثل هذا القسم، كما يرى أنه معطل لمصالح المواطنين وأن عمله ازدواجي. ويذهب المجلس إلى أن تسجيل الأراضي على مخططات الأمانة كان من الأولى أن تتولاه الأمانة مباشرة فور اعتماد المخططات السكنية سواء المنح أو التجارية، وليس عندما يطلب المواطن تصريح بناء، فتحوله الأمانة إلى قسم السجلات وتعطله أياما لحين يتم التسجيل الذي لا فائدة منه، باعتبار أن ذلك من أعمال وزارة العدل. واعتبر رئيس المجلس الدكتور عبدالمحسن آل الشيخ، أن هذا العمل تطفل من الأمانة في ما لا يعنيها، قائلا إن جميع الصكوك يتم تسجيلها في وزارة العدل ولا داعي لهذه الازدواجية التي عطلت المواطنين، مطالبا أعضاء المجلس جميعا بإيقاف العمل في هذا القسم الذي تسبب في تداخل أملاك المواطنين على بعضها البعض وفي مشاكل بين المواطنين لا تزال تنظر في المحاكم حتى اليوم. من جهته، دافع رئيس قسم السجلات بأمانة العاصمة المقدسة حسان الشناوي عن قانونية القسم بقوله «نحن نسجل المواقع فقط ولا نسجل الصكوك، والتسجيل اختياري وليس إجباريا، وهو مرتبط بالتصاريح، كما أن لدينا مشاكل الأحياء العشوائية والتداخلات التي تحدث فيها، ولا بد من تسجيلها». نافيا أن تكون هناك مشاكل في تسجيل المخططات. ويرى عضو المجلس المحامي نواف الشريف أن قسم السجلات في الأمانة لا يمتلك مرجعية قانونية، مطالبا بإيقاف التسجيل العقاري بالأمانة.