من المتوقع أن يتقلد مفتي مصر الدكتور علي جمعة منصب الأمين العام لمجمع الفقه الإسلامي، وتوضح مصادر المجمع أن هناك أربعة مرشحين آخرين، مغربي وتونسي، ووزير الشؤون الإسلامية الغيني الدكتور قطب سانو، والإماراتي سيف الجابري، إلا أن الأخير يدور الجدل داخل المجمع حول تعيينه لعدم تخصصه الفقهي، إلا بعض أعضاء المجمع يرون صلاحيته لقدرته الإدارية وخلفيته الشرعية، التي تساعده على إدارة دفة العمل في المجمع. ومر المجمع في حالتين من خلوه من أمين عام له منذ إنشائه، حيث بقي المنصب شاغرا لعدة أشهر عقب انتهاء فترة الأمين العام الأسبق الدكتور محمد الحبيب بلخوجة، إلى أن جاء الدكتور عبدالسلام العبادي، وبعد مغادرته بقي هذا المنصب شاغرا لسنة كاملة. ويؤكد الخبير في المجمع الدكتور حسن بن محمد سفر أن تعيين الأمين العام سيكون في غضون الأيام القليلة المقبلة. وبقي منصب الأمين العام للمجمع شاغرا طيلة عام كامل (365 يوما بالتمام)، عقب اعتذار أمينه العام السابق الدكتور عبدالسلام بن داود العبادي، الذي عين وزيرا للأوقاف والشؤون والمقدسات الإسلامية في الأردن، إلا أن مصدر مطلع في المجمع أوضح أن التأخر في تعيين الأمين العام بسبب البحث عن شخصية تنطبق عليها مواصفات المجمع. ويأتي غياب الأمين العام للمجمع في ظل عدم وجود نائب لأمين عام المجمع طيلة هذه الفترة، مما سبب في تأخر عقد الدورات البحثية العلمية، التي تناقش الموضوعات الفقهية، وتعطيل الخطوات التطويرية للمجمع، التي أقرتها القمة الإسلامية الاستثنائية في مكةالمكرمة، حيث أوصت حينها بتوسيع مهام المجمع. وبالعودة إلى الدكتور حسن سفر، فإنه يؤكد أن تعيين أمين عام جديد للمجمع يلقى اهتماما من رئيس المجمع الدكتور صالح بن عبدالله بن حميد، والأمين العام لمنظمة المؤتمر الإسلامي الدكتور أكمل الدين إحسان أوغلي. يذكر أن المجمع قد تأسس تنفيذا للقرار الصادر عن مؤتمر القمة الإسلامي الثالث «دورة فلسطين والقدس» المنعقد في مكةالمكرمة بالمملكة العربية السعودية في الفترة من 19 22 ربيع الأول 1401ه وقد تضمن «إنشاء مجمع يسمى: (مجمع الفقه الإسلامي الدولي)، يكون أعضاؤه من الفقهاء والعلماء والمفكرين في شتى مجالات المعرفة الفقهية والثقافية والعلمية والاقتصادية من مختلف أنحاء العالم الإسلامي لدراسة مشكلات الحياة المعاصرة والاجتهاد فيها اجتهادا أصيلا فاعلا بهدف تقديم الحلول النابعة من التراث الإسلامي والمنفتحة على تطور الفكر الإسلامي».