يتعرض تطبيق الواتساب لانتقاد دائم من مؤيدي الخصوصية أنه لايوفر التشفير على مستوى عالٍ بحيث يمكن اعتراض الرسائل المتبادلة من خلاله. لكن الآن قررت الشركة المطورة للتطبيق إضافة هذا النوع من التشفير الذي يعد الأفضل حتى الآن على مستوى خدمات الدردشة والتواصل الفوري المنافسة. ومن خلال تعاون الواتساب مع شركة Open Whisper Systems المطورة لتطبيق الدردشة المشفر TextSecure ستتمكن من استخدام شيفرة برمجية مفتوحة المصدر وإضافتها في تطبيقها للحصول على التشفير على مستوى المستخدم النهائي end-to-end encryption. ويعني هذا التشفير أن الشركة صاحبة التطبيق نفسها لن تتمكن من فك تشفير الرسائل المتبادلة بين المستخدمين، حيث إن الرسالة يتم تفسيرها فقط على جهاز المستقبل. وهناك العديد من تطبيقات الدردشة التي تستخدم نفس طريقة التشفير أشهرها تيليغرام المنافس والمشابه للواتساب، لكن أي من تلك التطبيقات لا يملك قاعدة المستخدمين العريضة التي يملكها واتساب متمثلة ب 600 مليون مستخدم.وفق "المرصد". ويتميز تطبيق TextSecure المشفر الآمن الذي ستستفيد منه الواتساب أن الرسائل تبقى مشفرة حتى لو تمكن القراصنة من الوصول لمفتاح التشفير مستقبلاً. وبحسب مدير العمليات والباحث الأمني Moxie Marlinspike فإن الشركة استغرقت الكثير من الوقت والجهد لتطويع بروتوكولات TextSecure وتجهيزها للاستخدام من قبل مئات ملايين المستخدمين في واتساب حيث استغرق منهم العمل ستة أشهر على الشيفرة البرمجية. أخيراً فإن هذا النوع من التشفير سيصل أولاً لمستخدمي الأندرويد، ولا نعرف بالضبط متى ستقدمه الواتساب لمستخدمي تطبيقها على الآيفون و الأنظمة الأخرى.