أعلن التلفزيون السوري الرسمي مقتل الشيخ محمد سعيد رمضان البوطي في التفجير الانتحاري في حيّ المزرعة بوسط دمشق في مسجد الإيمان. وبث التلفزيون الرسمي السوري في شريط عاجل مساء الخميس 21 مارس 2013 نقلا عن الوزارة ارتفاع عدد قتلى التفجير الارهابي الانتحاري في جامع الإيمان الى 42 قتيلاً و84 جريحاً، مشيراً إلى أن من بين القتلى ايضاً حفيد العلامة البوطي. ومن جهته نفى الجيش السوري الحر، في اتصال مع "العربية"، ضلوعه في تفجير دمشق الذي راح ضحيته الشيخ البوطي. كما أدان الجيش الحر بشدة الاعتداء الإرهابي على مسجد الإيمان بدمشق، مؤكداً أن التفجير جزء من مخطط يهدف إلى إفشال الثورة. ووصف رئيس الائتلاف المعارض مقتل الشيخ البوطي بأنه جريمة واتهم النظام بأنه قد يكون مسؤولاً عنها. وعرضت قناة "الإخبارية" السورية لقطات من داخل المسجد، ظهرت فيها العديد من الجثث على الارض، في حين تولى مسعفون رفع عدد من الجثث الاخرى، بينما تولى آخرون رفع الأشلاء عن الأرض ووضعها داخل أكياس رمادية اللون. وأظهرت لقطات أخرى عدداً من المسعفين وهم ينقلون الجثث إلى خارج المسجد الذي أصيبت قاعته الداخلية بأضرار كبيرة، في حين انتشرت بقع كبيرة من الدماء على الارض المغطاة بالسجاد. ولطالما كان الشيخ البوطي قريباً من النظام السوري منذ عهد الرئيس السابق حافظ الأسد، وكذلك في زمن ابنه الرئيس بشار الأسد.