رفعت مؤسسات أمنية مصرية تقارير للرئيس محمد مرسي أشارت فيها إلى أن "ضرر العلاقات مع إيران أكثر من نفعها". وأوضحت مصادر أمنية رفيعة لصحيفة " الاهرام " أن الخلافات المصرية بشأن التعاون مع إيران ترجع لعدة أسباب، على رأسها مخاوف من تأثير أي تعاون رسمي بين البلدين على علاقات الرئاسة المصرية مع حلفائها في الداخل.أما على الصعيد الخارجي، فتوجد نقطتان خلافيتان أخريان، هما تعارض العلاقة بين البلدين مع التزامات مصر تجاه أمن الخليج واتفاقية السلام مع إسرائيل كدولة لا تعترف بها إيران . وكانت وكالة "فارس" الإيرانية، قد نشرت رسالة بعثها 17 عالماً ومفكراً إيرانياً للرئيس مرسي يهنئونه بالذكرى الثانية لثورة 25 يناير، ينصحونه فيها باستلهام منجزات الثورة الإيرانية تحت قياة آية الله الخميني. وكان من بينهم علي أكبر ولايتي، مستشار خامنئي لشؤون السياسة الخارجية وأحد مستشاري المرشد الإيراني المقربين.