ألقت عملية الدمج بظلالها على العديد من إدارات التربية والتعليم بالمملكة ما أثر سلبا على بعض المشاريع التعليمية المزمع إنشاؤها ، حيث أبقت بعض ملفاتها حبيسة الأدراج لبعض الأقسام ما أثر على نفسيات بعض الموظفين ورؤساء الأقسام سلبا في ترقب وحذر شديدين بناء على الصلاحيات الممنوحة لمديري التعليم بعد الدمج في الوقت الذي تأثرت فيه أقسام العلاقات العامة والإعلام التربوي في التعامل مع آلية الدمج، مبنى إدارة تعليم البنات بالشرقية ( اليوم ) وعلمت "اليوم" من مصادر مطلعة توقف عدد من المشاريع التعليمية بناء على طلب الوجهة الموحدة لدراستها بشكل دقيق ومتابعة عقود الصيانة والتشغيل. وكذلك أثر القرار على بعض ادارات التعليم في النكوث ببعض وعودها لتسليم المكافآت المالية لبعض شاغلي الوظائف بالمدارس الليلية والاهتمام بقضايا ومشاريع الادارة المدمجة حاليا، وقالت مصادر ل «اليوم» : إن حالة من الاضطراب تسود المناطق التعليمية حاليا بسبب قرارات الدمج، وطالب كثير من العاملين في المجال التربوي بدراسة التجربة قبل تطبيقها بشكل شامل وبيان الايجابيات والسلبيات، وقالوا ل «اليوم» : كان من المفترض بعد تجربة الدمج في بعض الادارات تنظيم مؤتمر تربوي لعرض وجهات النظر المختلفة بخصوص عمليات الدمج، وتوزيع استبانة لأخذ الآراء المختلفة والتصويت عليها. «وزير التربية والتعليم الأمير فيصل بن عبد الله بن محمد آل سعود أصدر قرارا بدمج وكالتي الشؤون المدرسية في قطاعي تعليم البنين وتعليم البنات تحت مسمى وكالة الشؤون المدرسية في الوزارة، رغبة في توحيد الإجراءات ومنع الازدواجية بما يخدم المصلحة التربوية»يشار الى ان وزير التربية والتعليم الأمير فيصل بن عبد الله بن محمد آل سعود أصدر قرارا بدمج وكالتي الشؤون المدرسية في قطاعي تعليم البنين وتعليم البنات تحت مسمى وكالة الشؤون المدرسية في الوزارة ، رغبة في توحيد الإجراءات ومنع الازدواجية بما يخدم المصلحة التربوية ويحقق أهداف الوزارة وتقليل البيروقراطية والهدر المالي. ونص القرار على أن يرتبط الوكيل للشؤون المدرسية بنائبي الوزير في قطاعي البنين والبنات كل حسب اختصاصه.